W XIX w. powstały trzy wielkie sekty protestanckie: mormonów, adwentystów i świadków Jehowy.

Wspólnotę mormonów założył John Smith, który głosił, że jest prorokiem. W 1830 r. opublikował Księgę Mormona, uznaną przez jego wyznawców za równą w świętości Biblii, która rzekomo miała być starożytną księgą przetłumaczoną z reformowanego języka egipskiego. Tłumaczenia miał dokonać sam Smith na podstawie starożytnych płyt otrzymanych od proroka Moroniego, „niebiańskiego posłańca”. Opowiada ona dzieje grupy Żydów, która opuściła Jerozolimę w 600 r. p. n. Ch. i przeniosła się na kontynent amerykański. Od nich to ma wywodzić się większość tamtejszych Indian. Najważniejszym wydarzeniem, opisanym w tej pracy, jest rzekome objawienie się Chrystusa Amerykanom. Mormoni wierzą zresztą, że na tym nie kończy się objawienie, bo uzupełnia je każdy kolejny prorok, tzn. przywódca sekty.

John Smith był oskarżany o przynależność do masonerii1, a jego poglądy były wprost satanistyczne. Mormoni wierzą chociażby, że Jezus jest bratem Lucyfera. Człowiek natomiast jest dzieckiem Boga w dosłownym znaczeniu tego słowa. Jest bowiem bogiem o nieograniczonych możliwościach.

Założycielem adwentyzmu był Wiliam Miller. Był on przekonany, że Biblia zawiera ukryty przekaz na temat końca świata i powrotu Jezusa. To już przypomina niezwykle kabałę chrześcijańską różokrzyżowców. Samuel Snow, zwolennik Millera, obliczył na podstawie wskazówek mistrza, że koniec świata nastąpi 22 października 1844 r. Kiedy to nie nastąpiło, przyszedł okres nazwany „wielkim rozczarowaniem”. Sekta adwentystów podzieliła się. Najsłynniejszym jej odłamem jest Kościół Adwentystów Dnia Siódmego.

W łonie adwentystów odrodziły się dawne chrześcijańskie herezje millenarystyczne, które mówiły o bliskim końcu świata i nastaniu tysiącletniego królestwa Chrystusa. Była też wśród nich powszechna herezja antytrynitaryzmu, która odrzucała istnienie Trójcy Świętej. Dopiero w I połowie XX w. część z odłamów sekty uznała istnienie jednego Boga w trzech osobach.

Chrześcijański Zbór Świadków Jehowy (później przemianowany na Świadków Jehowy) założył Charles T. Russel w 1870 r. w Pensylwanii. Zaczynał od sformowania małej grupy protestantów czytających Biblię, w której głosił konieczność powrotu do prawdziwych pierwotnych nauk Jezusa Chrystusa. Zaczął też wydawać pismo „Strażnica” i publikować traktaty teologiczne.

Świadkowie Jehowy wierzą, że Jezus nie jest Bogiem, ale stworzeniem. Po dokonaniu dzieła zleconego przez Boga, wstąpił do nieba, gdzie określany jest m.in. jako archanioł Michał. Wkrótce ma nadejść koniec świata, który nastąpi w wyniku wojny wywołanej przez Boga. Będzie to tzw. Armagedon. Po nim nastąpi na ziemi tysiącletnie królestwo Chrystusa, w którym będzie żyć 144 tysiące wybranych ludzi. Świadkowie Jehowy odrzucają istnienie Trójcy Świętej, sakramenty, czy prawdę o istnieniu piekła.

Kierują się przy tym wybiórczą i tendencyjną interpretacją Pisma Świętego. Wierzą np., że krew jest święta. Nie zgadzają się więc na transfuzję krwi. Twierdzą także, że Pismo Święte w oryginale nazywa Boga tytułem „Jehowa”. Jest to błąd wynikający z nieznajomości języka hebrajskiego i żydowskich zwyczajów (w języku hebrajskim nie ma samogłosek. Słowo „Bóg” zapisywane było więc w Starym Testamencie jako „JHWH”. Żydzi dopisywali nad nim kilka samogłosek, by pamiętać, żeby wymawiać je jako „Adonai” - „Pan”. Imię Boga było bowiem święte i nie wolno go było przywoływać. Stąd świadkowie Jehowy nie wiedząc o tym, doszli do wniosku, że Bóg po hebrajsku to „Jehowa”).

Świadkowie Jehowy kilkakrotnie przepowiadali konkretne daty końca świata, który nie nadchodził. Wiele argumentów świadczy o tym, że Charles T. Russel, założyciel sekty, był masonem. W jego pismach jest wiele nauk z piramidologii, która była popularna wśród wolnomularzy. W jego pracach i w samej sekcie pojawia się wiele symboli masońskich. Sam Russel ma nagrobek w kształcie piramidki, a pochowany został pod znakiem krzyża i korony, który jest masońskim symbolem. Z całą pewnością znał także dobrze obyczaje masońskie.

W XIX w. powstały także mniejsze sekty protestanckie o wyraźnym charakterze ezoterycznym i panteistycznym. Jedną z nich było Stowarzyszenie Chrześcijańskiej Nauki, które założyła Mary Baker Eddy w 1879 r. w USA. Głosiła ona, że Bóg jest wszystkim i negowała istnienie świata fizycznego. W związku z tym odrzucała wszelkie lekarstwa uważając, że wszystkie choroby mają charakter duchowy.

Inną sektą byli chrystadelfianie. Grupę tę założył dr John Thomas. Jej wyznawcy wierzą, że Jezus Chrystus jest Synem Bożym, ale nie Bogiem. Duch Święty natomiast jest mocą Bożą, która jest udzielana ludziom wierzącym.