Giedymin Pilecki urodził się 14 lutego 1903 r. w Brodziszczach na terenie dawnego województwa nowogródzkiego II RP. Uczęszczał do gimnazjum realnego w Oszmianie oraz gimnazjum przy wileńskim seminarium duchownym, gdzie w 1923 r. zdał maturę. Później studiował w Wyższym Seminarium Duchownym w Wilnie oraz na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Stefana Batorego. W 1929 r. otrzymał święcenia kapłańskie.

Pracę duszpasterską rozpoczął w Widzach koło Brasławia, gdzie działał również na polu oświatowo-społecznym i zorganizował Akcję Katolicką. Później posługiwał jako proboszcz kolejno w Gródku, Chołchle i Hruzdowie koło Postaw. W 1939 r. skierowano go do pracy w Akcji Katolickiej w Wilnie na stanowisko wizytatora archidiecezjalnego.

Po wybuchu II wojny światowej w listopadzie 1939 r. został proboszczem w Hermaniszkach koło Lidy, gdzie zaangażował się w działalność podziemną w ramach nowogródzkich struktur Związku Walki Zbrojnej. Zorganizował i kierował centralną drukarnią podziemną, wydawał i redagował pisma podziemne. Był redaktorem jedynego w Polsce pisma podziemnego dla kapelanów wojskowych i oficerów oświatowych Armii Krajowej - „Sursum Corda”.

Organizował lokalne tajne nauczanie, na plebanii udzielał schronienia osobom pochodzenia żydowskiego i partyzantom, przechowywał broń. W latach 1943–1944 był dziekanem Okręgu Nowogródzkiego Armii Krajowej, potem kapelanem 19 Dywizji Armii Krajowej.

W styczniu 1945 r. został aresztowany przez NKWD i wywieziony do łagrów. Po powrocie do Polski w 1948 r. przebywał w Bydgoszczy, po czym skierowano go do pracy w diecezji warmińskiej. Został wikarym w Kętrzynie, a następnie proboszczem parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa w Olsztynie.

12 grudnia 1949 r. został zatrzymany przez Urząd Bezpieczeństwa Publicznego i osadzony w areszcie olsztyńskim. Pod fałszywym zarzutem działalności antypaństwowej przez 15 miesięcy przebywał w więzieniach w Łęczycy i Łodzi.

Po zwolnieniu w 1951 r. został mianowany administratorem wiejskiej parafii Nebrowo Wielkie koło Kwidzyna, a następnie parafii św. Brunona w Bartoszycach. W latach 1954–67 był proboszczem parafii Św. Mikołaja w Elblągu i dziekanem elbląskim.

Ks. Giedymin Pilecki zginął w wypadku samochodowym 7 grudnia 1967 r. pod Gutkowem. Spoczął na cmentarzu parafialnym w Elblągu. Był odznaczony m. in. Srebrnym Krzyżem Zasługi z Mieczami, Krzyżem Walecznych i Krzyżem Armii Krajowej.