Jan Chryzostom Michałkowski przyszedł na świat 2 stycznia 1914 r. w Jerce pod Kościanem w Wielkopolsce, w rodzinie chłopskiej. Uczęszczał do gimnazjum w Gostyniu, należał do Sodalicji Mariańskiej. W 1933 r. rozpoczął studia w Wyższym Seminarium Duchownym w Tarnowie.

Święcenia kapłańskie przyjął z rąk ks. bp. Franciszka Lisowskiego 29 czerwca 1938 r. Początkowo należał do Kongregacji Księży Filipinów w Gostyniu, pełniąc tam różnorakie funkcje duszpasterskie. Szybko dał się poznać jako utalentowany kaznodzieja, prowadzący między innymi rekolekcje wielkopostne.

Za namową przełożonych wiosną 1939 r. wyjechał do nowo powstałego ośrodka filipinów w miejscowości Nowy Oleksiniec na Wołyniu. Gdy po wybuchu II wojny światowej tereny te zajęli Sowieci, został odesłany do Lwowa, a stamtąd po kilku tygodniach pobytu przetransportowany wraz z innymi mieszkańcami tamtych terenów do obozów przejściowych w Czechach.

Pod koniec sierpnia 1940 r. powrócił do Tarnowa. Stąd we wrześniu tego roku skierowany został do posługi w Studziannie w ówczesnej diecezji sandomierskiej. Z początkiem lutego 1941 r. objął stanowisko wikariusza w parafii Sady, gdzie prowadził m.in. tajne komplety dla młodzieży.

Został aresztowany w sierpniu 1943 r., gdy wstawił się za zatrzymanym przez żandarmerię niemiecką wykładowcą tajnego nauczania, którym okazał się przedwojenny zawodowy oficer Wojska Polskiego. Oskarżony o szpiegostwo trafił do więzienia gestapo w Radomiu, a niedługo potem do Auschwitz.

W październiku 1943 r. został przetransportowany do obozu w Buchenwaldzie do ciężkiej pracy w kamieniołomach. Zmarł w wyczerpania już dwa miesiące później, 26 grudnia 1943 r., w podobozie Dora.

Jan Chryzostom Michałkowski jest jednym z dwóch księży filipinów z diecezji tarnowskiej, których objął proces beatyfikacyjny drugiej grupy męczenników z okresu II wojny światowej.