Przedmiotem badań Instytutu są m.in. zbrodnie dokonane przez aparat cywilny i militarny III Rzeszy na ziemiach okupowanej Polski, deportacje do obozów koncentracyjnych oraz deportacje żołnierzy Armii Krajowej i innych formacji niepodległościowych, oraz mieszkańców Kresów Wschodnich II Rzeczypospolitej w głąb ZSRR.

Ustawowym zadaniem IPN jest również poszukiwanie miejsc spoczynku osób poległych w walkach o niepodległość i zjednoczenie Państwa Polskiego, poległych w walce z systemem totalitarnym lub wskutek represji totalitarnych i czystek etnicznych w okresie od 8 listopada 1917 r. do 31 lipca 1990 r.

Ponadto IPN ma za zadanie prowadzenie działalności związanej z upamiętnianiem historycznych wydarzeń, miejsc i postaci w dziejach walk i męczeństwa narodu polskiego w kraju i zagranicą oraz miejsc walki i męczeństwa innych narodów na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej w okresie od 8 listopada 1917 r. do 31 lipca 1990 r.

Ustawa o IPN przewiduje udostępnianie dokumentów zgromadzonych w archiwach służb specjalnych PRL osobom, o których organy bezpieczeństwa państwa zbierały informacje na podstawie celowo gromadzonych danych, w tym w sposób tajny.

W ramach Instytutu działają: Główna Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu, Archiwum IPN oraz Biura: Lustracyjne, Upamiętniania Walk i Męczeństwa, Poszukiwań i Identyfikacji, Edukacji Narodowej i Badań Historycznych.

Główna Komisja jest kontynuatorką powołanej w 1945 r. Głównej Komisji Badania Zbrodni Niemieckich w Polsce. Komisję przekształcono w pion śledczy IPN, który rozpoczął prace w 2000 r. Kieruje nią dyrektor powoływany i odwoływany przez Prezydenta RP na wniosek Prokuratora Generalnego w porozumieniu z Prezesem IPN. Dyrektor jest z urzędu zastępcą Prokuratora Generalnego.

Archiwum IPN zajmuje się ewidencjonowaniem, gromadzeniem, przechowywaniem, opracowywaniem, zabezpieczeniem, udostępnianiem i publikowaniem dokumentów organów bezpieczeństwa państwa, wytworzonych oraz gromadzonych od 22 lipca 1944 r. do 31 lipca 1990 r., a także organów bezpieczeństwa Rzeszy Wielkoniemieckiej i ZSRR.

Biuro Lustracyjne oraz podległe mu terenowe oddziałowe biura lustracyjne utworzono na mocy ustawy z dnia 18 października 2006 r. o ujawnianiu informacji o dokumentach organów bezpieczeństwa państwa z lat 1944–1990 oraz treści tych dokumentów.

Jego głównym celem jest weryfikacja prawdziwości złożonych oświadczeń lustracyjnych przez osoby pełniące funkcje publiczne, przygotowywanie postępowań lustracyjnych oraz przygotowanie i publikowanie katalogów zawierających dane osobowe: pracowników, funkcjonariuszy i żołnierzy organów bezpieczeństwa państwa, osób rozpracowywanych przez organy bezpieczeństwa państwa PRL, osób zajmujących kierownicze stanowiska partyjne i państwowych w PRL oraz osób pełniących obecnie funkcje publiczne.

Siedziba IPN mieści się w Warszawie przy ul. Wołoskiej 7. Powołanych zostało 11 oddziałów Instytutu we wszystkich miastach, w których funkcjonują sądy apelacyjne (Białystok, Gdańsk, Katowice, Kraków, Lublin, Łódź, Poznań, Rzeszów, Szczecin, Warszawa, Wrocław). W kolejnych 7 miastach (Bydgoszcz, Gorzów Wlkp., Kielce, Koszalin, Olsztyn, Opole, Radom) powołano delegatury IPN.

Instytutem Pamięci Narodowej kieruje Prezes, wybierany przez Sejm za zgodą Senatu na okres 5 lat, na wniosek Kolegium IPN. Pierwszym prezesem był w latach 2000–2005 prof. Leon Kieres. Po upływie jego kadencji Sejm 9 grudnia 2005 r. wybrał na to stanowisko dr hab. Janusza Kurtykę, który stał na czele IPN aż do tragicznej śmierci w katastrofie samolotu pod Smoleńskiem 10 kwietnia 2010 r.

Do chwili wyboru dr. Łukasza Kamińskiego obowiązki prezesa IPN pełnił dr Franciszek Gryciuk. 10 czerwca 2011 r. Sejm RP wybrał na stanowisko prezesa IPN dr. Łukasza Kamińskiego, który sprawował tę funkcję do 22 lipca 2016 r. Tego samego dnia prezesem Instytutu Pamięci Narodowej został wybrany przez Sejm RP dr Jarosław Szarek.