Jan Kiliński urodził się w 1760 r. w wielkopolskim Trzemesznie, w rodzinie majstra murarskiego. Wcześnie osierocony, nie ukończył szkół i przysposabiał się do zawodu szewca, początkowo w rodzinnej miejscowości, a później u swojego brata w Poznaniu.

W 1780 r. osiadł w Warszawie, gdzie już po kilku latach pobytu zyskał sławę doskonałego rzemieślnika. W 1788 r. uzyskał tytuł mistrza szewskiego i otworzył zakład szewski. Dzięki swej popularności w 1791 r. został wybrany przez mieszczan na radnego Warszawy.

W 1793 r. znalazł się w gronie osób przygotowujących powstanie w Warszawie, które miało umożliwić Kościuszce dotarcie do stolicy. Na początku marca 1794 r. wszedł w skład Związku Rewolucyjnego - tajnego sprzysiężenia spiskowców cywilnych i wojskowych.

W przededniu wybuchu powstania sformował oddział liczący kilka tysięcy ludzi, po czym nawiązał kontakt z wojskowymi. W dniach 17 i 18 kwietnia 1794 r., w czasie insurekcji warszawskiej, przewodził zbuntowanym tłumom. Po dwóch dniach walk z silnym garnizonem rosyjskim stolica została oswobodzona.

19 kwietnia insurekcja przyłączyła się do powstania kościuszkowskiego i uznała Kościuszkę za jego naczelnika. Władzę przejęła Rada Zastępcza Tymczasowa z Kilińskim w składzie, którego w dowód uznania Kościuszko mianował pułkownikiem milicji księstwa mazowieckiego.

W czerwcu 1794 r., dzięki własnym środkom Kiliński zorganizował pułk piechoty - 20 Regiment Pieszy Koronny, na którego czele bronił Warszawy przed oddziałami pruskimi.

Pod koniec powstania, w październiku 1794 r., został aresztowany w Poznaniu przez Prusaków. Wydany Rosjanom, został wywieziony do Petersburga i osadzony w twierdzy Pietropawłowskiej, gdzie przebywał dwa lata.

Po zwolnieniu zamieszkał w Wilnie. W 1797 r. przystąpił do tajnego stowarzyszenia utworzonego na Litwie, które miało na celu wysyłanie młodzieży do powstających we Włoszech Legionów Polskich. Został ponownie aresztowany, a następnie uwolniony.

Po powrocie do stolicy w 1798 r. nie angażował się już w życie publiczne, skupiając się na pracy i pisaniu pamiętników, które zostały wydane po jego śmierci. Wyjątkiem było objęcie funkcji radnego w okresie Księstwa Warszawskiego.

Do końca życia mieszkał w Warszawie, tam też zmarł 28 stycznia 1819 r. W jego pogrzebie uczestniczył wielotysięczny tłum. Pochowano go pod kościołem na warszawskich Powązkach.

Jego grób uległ zniszczeniu w latach dziewięćdziesiątych XIX w. podczas przebudowy kościoła.