Przyszedł na świat 18 marca 1860 r. w Medyce na Podkarpaciu w zamożnej rodzinie ziemiańskiej. Jego ojciec, Mieczysław, był literatem, politykiem i publicystą. Na Uniwersytecie Jagiellońskim studiował historię, geografię i historię literatury, tamże oraz w Wiedniu prawo, z którego doktoryzował się w Krakowie w 1885 r. Studia rolnicze odbył w Halle, Wiedniu i Dublanach.

Od 1887 r. zarządzał rodzinnym majątkiem, wykorzystując zdobytą podczas studiów wiedzę. Był cenionym znawcą drzew owocowych. Z powodzeniem wprowadzał najnowsze technologie produkcji rolnej, zwłaszcza w zakresie nawożenia upraw. Za dokonania z dziedziny botaniki i ogrodnictwa otrzymywał branżowe nagrody.

W 1891 r. został profesorem Wyższej Szkoły Rolniczej w Dublanach, gdzie kierował katedrą ekonomii społecznej. Wykładał także m.in. skarbowość, politykę agrarną, prawo rolne, ekonomikę rolnictwa. Był autorem wielu publikacji z zakresu gospodarowania rolnego. W 1902 r. we Lwowie założył Szkołę Nauk Politycznych, wykładał także na miejscowym uniwersytecie.

Prowadził wszechstronną działalność społeczną. Pracował w Galicyjskim Towarzystwie Gospodarskim, w którym przez pewien czas pełnił funkcję wiceprezesa. Zasiadał również w zarządzie Towarzystwa Kółek Rolniczych upowszechniającego nowoczesną wiedzę rolniczą.

Gromadzone przez trzy pokolenia Pawlikowskich bogate „zbiory medyckie” (biblioteka, rękopisy, ryciny, mapy itd.) przekazał w 1921 r. Zakładowi Narodowemu im. Ossolińskich (wówczas we Lwowie, obecnie we Wrocławiu). Wspierał też amatorski ruch teatralny w Przemyślu i okolicach. Organizował liczne odczyty i spotkania dyskusyjne.

Interesował się również twórczością Juliusza Słowackiego. W 1924 r. na podstawie rękopisów opublikował jego poemat „Król Duch”, którą opatrzył obszernym komentarzem. Za pracę na tym polu nadano mu godność członka Polskiej Akademii Umiejętności.

Politycznie związany z endecją, był jednym z jej liderów na terenie Galicji. Od 1902 r. należał do Ligi Narodowej. W 1904 r. współtworzył Stronnictwo Narodowo-Demokratyczne, trzy lata później został jego prezesem. Był zwolennikiem jedności obozu narodowego, podkreślając konieczność porozumienia na bazie postawy antyniemieckiej.

W czasie I wojny światowej oskarżony o zdradę przez władze austriackie, musiał uciekać z Galicji. Zamieszkał w Żytomierzu. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości powrócił do Lwowa. Po utworzeniu Związku Ludowo-Narodowego wszedł w skład jego Rady Naczelnej.

Od młodzieńczych lat uprawiał taternictwo, dokonując szeregu pionierskich wejść, np. dokonał pierwszego wejścia na Mnicha. Prowadził też prekursorskie badania speleologiczne w Tatrach, jako pierwszy opisując jaskinie w Dolinie Kościeliskiej.

Był jednym z najwybitniejszych działaczy Towarzystwa Tatrzańskiego, autorem jego programu. W 1912 r. utworzył w jego ramach Sekcję Ochrony Tatr i stanął na jej czele. Jej celem była walka z coraz bardziej masową komercyjną turystyką. Z tego względu zasłynął jako krytyk wielu inwestycji w najwyższych polskich górach.

Był autorem wielu prac z zakresu problematyki ochrony przyrody. W 1913 r. wydał rozprawę „Kultura a natura”, uznawaną za pierwszy całościowy manifest ochrony przyrody Polski. Innym jego wielkim jego dokonaniem było utworzenie Ligi Ochrony Przyrody z inicjatywy Państwowej Rady Ochrony Przyrody za czasów, kiedy pełnił funkcję jej wiceprezesa w latach 1920-1935.

W 1934 r. był jednym z głównych autorów projektu pierwszej polskiej ustawy o ochronie przyrody. Zabiegał o utworzenie Tatrzańskiego Parku Narodowego, co faktycznie nastąpiło dopiero w latach 50. ubiegłego wieku.

Jan Gwalbert Pawlikowski zmarł 5 marca 1939 r. we Lwowie. Pochowano go na Cmentarzu Zasłużonych na Pęksowym Brzyzku w Zakopanem. Dziś mija 80 lat od jego śmierci.