Stefan Natanson urodził się 2 listopada 1872 r. w Warszawie. Uczył się w gimnazjum w estońskim Dorpacie, później studiował mechanikę w politechnice w Charlottenburgu pod Berlinem, gdzie uzyskał tytuł inżyniera. Działał w Związku Młodzieży Polskiej „Zet” na terenie Niemiec i Francji. Należał do tzw. Centralizacji, czyli władz naczelnych „Zetu”, a także do Ligi Narodowej.

W 1901 r. znalazł się w grupie kilkunastu działaczy oskarżonych o tworzenie niepodległościowych organizacji polskich w procesie w Poznaniu przez władze pruskie. Jako że nie stawił się na rozprawę, był sądzony zaocznie.

Aresztowany przez władze rosyjskie i osadzony w cytadeli warszawskiej, został zwolniony dzięki staraniom rodziny, musiał jednak opuścić Królestwo Polskie. W 1902 r. wyjechał do Krakowa.

Od 1904 r. działał w Towarzystwie Szkoły Ludowej w Krakowie, pełniąc kolejno funkcje sekretarza, wiceprezesa i ponownie sekretarza Zarządu Głównego. Z ramienia Towarzystwa rozbudowywał sieć szkolną na terenie Galicji. Był też działaczem Stronnictwa Demokratyczno-Narodowego.

W 1910 r. kupił drukarnię w Krakowie, gdzie drukowana była „Ojczyzna” - organ prasowy Ligi Narodowej. Był redaktorem tego pisma. Współdziałał też przy wydawaniu czasopisma „Wieniec-Pszczółka”. W swojej drukarni wydawał tanie książki z dziedziny literatury i historii polskiej, przeznaczone dla bibliotek szkolnych.

Po wybuchu I wojny światowej wraz z rodziną został ewakuowany do Wiednia, skąd przedostał się do Szwajcarii. Był członkiem Zarządu Centralnej Agencji Polskiej. W jego mieszkaniu w Lozannie odbywały się spotkania i zjazdy polityków polskich działających na Zachodzie. W sierpniu 1917 r. brał udział w zjeździe, na którym powołano Komitet Narodowy Polski.

W latach 1918–1919 przebywał w Paryżu, pełniąc funkcję zastępcy kierownika wydziału prasowego KNP. Po powrocie do kraju w 1919 r. brał udział w przygotowaniu plebiscytu na Śląsku Cieszyńskim. Od sierpnia 1923 r. do września 1924 r. był naczelnikiem Wydziału Prasowego Ministerstwa Spraw Zagranicznych, a od stycznia 1925 r. do sierpnia 1927 r. kierownikiem drukarni tegoż Ministerstwa.

Od 1929 r. był kierownikiem Sekcji Kultury Wydziału Oświaty i Kultury Magistratu miasta Warszawy. Zainicjował poranki muzyczne dla młodzieży, organizowane w Filharmonii Warszawskiej i transmitowane przez Polskie Radio.

Był także przewodniczącym Wydziału Miejskiego przy Zarządzie Głównym Polskiej Macierzy Szkolnej w 1935 r. Po wybuchu II wojny wyjechał do majątku Świercze. Zmarł 9 kwietnia 1944 r., spoczął na cmentarzu w Zbuczynie.