Marceli Nowakowski urodził się 20 września 1882 r. w Przybyszewie na Mazowszu. W Warszawie ukończył gimnazjum oraz w seminarium duchowne. Studiował w Rzymie, Monachium i Innsbrucku, gdzie uzyskał tytuł doktora teologii.

W 1909 r. przyjął święcenia kapłańskie i rozpoczął pierwszą posługę kapłańską jako wikary parafii w Wiskitkach pod Żyrardowem. W 1910 r. został wykładowcą historii filozofii i historii Kościoła w Seminarium Metropolitarnym Warszawskim, a potem w Seminarium Duchownym Św. Jana. Prowadził również rekolekcje w żeńskim gimnazjum w Chyliczkach pod Piasecznem.

Po wybuchu I wojny światowej zaangażował się w działalność społeczną i polityczną. Związał się z nurtem endeckim, współorganizował Polski Czerwony Krzyż oraz Towarzystwo Opieki nad Jeńcami. Podczas wojny z bolszewikami pełnił funkcję kapelana 5 Pułku Ułanów.

Od 1919 r. z ramienia Związku Narodowo-Ludowego zasiadał w Sejmie Ustawodawczym, a następnie w Sejmie I i II kadencji. Udzielał się w komisji wojskowej, brał udział w przygotowywaniu umowy konkordatowej ze Stolicą Apostolską.

W 1925 r. otrzymał tytuł prałata domowego Jego Świątobliwości ks. Prymasa, a rok później objął probostwo parafii Najświętszego Zbawiciela w Warszawie, którą to funkcję pełnił aż do śmierci. Za jego urzędowania ukończono budowę głównego ołtarza, powstał ołtarz św. Teresy i nowa ambona.

W 1930 r. zakupił działkę pod budowę Domu Katolickiego, gdzie swoje pomieszczenia miały organizacje i stowarzyszenia religijne, m.in. Związek Caritas, Akcja Katolicka oraz Katolickie Stowarzyszenie Młodzieży.

Ks. Nowakowski był znany nie tylko jako społecznik, ale również jako jeden z najlepszych mówców swojego czasu, którego kazania przyciągały tłumy. Swoimi przemowami otwierał zjazdy Związku Ludowo-Narodowego oraz Obozu Wielkiej Polski. To właśnie on wygłosił kazanie podczas pogrzebu Romana Dmowskiego w dniu 7 stycznia 1939 r., w Katedrze św. Jana.

Po wybuchu II wojny światowej zorganizował akcję gaszenia i odbudowywania bombardowanej świątyni Zbawiciela. Aresztowany przez Niemców w październiku 1939 r. został oskarżony o prowadzenie antyniemieckiej działalności oraz o ułatwienie wyjazdu za granicę Helenie Sikorskiej, żonie generała Władysława Sikorskiego.

Dokładne okoliczności śmierci ks. Nowakowskiego nie są znane, najprawdopodobniej został rozstrzelany w masowej egzekucji w podwarszawskich Palmirach 22 stycznia 1940 r. Inne źródła jako datę i miejsce śmierci podają 18 lutego 1940 r. i ogrody sejmowe. Jego ciała nigdy nie odnaleziono.

Symboliczny grób kapłana znajduje się na Cmentarzu Powązkowskim.