Wiele z tych sensacyjnych doniesień skonfrontował z faktami Marek Piotrowski w (wydanej staraniem inicjatywy ewangelizacyjnej „Wejdźmy na szczyt") książce „Kościół oskarżony".

Siły wrogie katolicyzmowi głoszą, że Watykan narzucił kanon Ewangelii i zakazał dystrybucji pism o Jezusie sprzecznych z nauczaniem Kościoła. Po pierwsze nic nie zakazano, apokryfy były ogólnodostępne, co zresztą widać w tym jaką były inspiracją dla sztuki religijnej krajów katolickich. Dziś, kiedy lewicowe gazety robią sensacje z publikacji apokryfów, wszystkie apokryfy można od lat przeczytać w zbiorach wydawanych przez katolickie wydawnictwa (np. WAM księży jezuitów).

Niezwykle ważne jest to, że wszystkie kościoły chrześcijańskie powstałe w pierwszych wiekach, a niezależne od Rzymu, mają ten sam kanon Ewangelii co katolicy, co świadczy, że ukształtował się on w czasach pierwszych chrześcijan, zanim zostało to oficjalnie ogłoszone.

Kanon Nowego Testamentu istniał już w II wieku nasze ery, potwierdzały to synody w Hipponie (w 390 roku) i Kartaginie (393 rok). Kościoły wschodnie potwierdziły kanon na synodzie Trullańskim w 692 roku. Kanon zakwestionował dopiero Luter w 1546 roku. Kanon został potwierdzony przez Sobór Trydencki w 1546 roku.

Kontrowersje budzi też wśród przeciwników katolicyzmu katolicka praktyka chrztu niemowląt. Wbrew antykatolickiej propagandzie „synod kartagiński z 419 roku nie ''wprowadził'' chrztu niemowląt, lecz przeciwstawił się pelagianom, którzy chcieli tej starożytnej praktyki Kościoła zakazać". Pelagianie odrzucali w ogóle naukę o konieczności chrztu. Już w 253 roku na synodzie kartagińskim wprowadzono chrzest dzieci od razu. Podobnie Dzieje Apostolskie głosiły potrzebę chrztu wszystkich. Listy Apostolskie i pisarze wczesnochrześcijańscy głosili potrzebę chrztu od razu. Do XVI wieku panowała zgoda co do chrztu dzieci, przeciwko któremu opowiedziała się część protestantów (z tym że Luter i Kalwin nie byli przeciwni chrztowi dzieci).

Protestanci odrzucają katolicką ideę czyśćca. Ten stan po śmierci został opisany w Starym Testamencie w Drugiej Księdze Machabejskiej i dlatego te księgę Starego Testamentu odrzucił Luter. Czyściec opisany jest też w Księdze Mądrości, Ewangeliach, Listach, pismach wczesnochrześcijańskich. Obecny był też w tradycji żydowskiej np. wśród Esseńczyków.

W ramach walki z katolicyzmem Kościół katolicki oskarżany jest o wzajemne klątwy ze wschodnimi schizmatykami. Jezus w czasie Ostatniej Wieczerzy ustanowił sakrament eucharystii, używając przaśnego chleba (wypiekanego bez zakwasu tak jak opłatek, czy maca) – ostania wieczerza była paschą, więc był podczas niej konsumowany tylko przaśny chleb. Chleb taki był używany przez Ormian w swojej liturgii. Armenia, pomimo że była najstarszym państwem chrześcijańskim, została podporządkowana Bizancjum. Patriarcha wschodni zakazał Ormianom używania w eucharystii przaśnego chleba i w 1052 roku zamknął ich kościoły. Patriarcha nie chciał kompromisu z papieżem i dlatego w 1054 papież rzucił anatemę na patriarchę. Wbrew faktom patriarcha głosił, że anatema dotyczy całego wschodniego kościoła, a nie tylko jego, i rzucił klątwę na papieża. Klątwy zostały zdjęte dopiero w XX wieku.

Do grzechów zagrożonych ekskomuniką następującą automatycznie w chwili popełnienia czynu, bez dodatkowych czynności kiedyś zaliczano: herezje, piractwo, rabowanie mienia rozbitków, zbrojenie islamistów, fałszowanie monet i pism urzędowych. Dziś zalicza się: znieważenie eucharystii, przemoc wobec papieża, rozgrzeszenie przez kapłana wspólnika grzechu nieczystości, udzielenie i przyjęcie bez zgody papieża sakry biskupiej, usiłowanie udzielenia święceń kobiecie i przyjęcia święceń przez kobietę, naruszenie tajemnicy konklawe, przeprowadzenie lub dobrowolne poddanie się aborcji, naruszenie tajemnicy spowiedzi, apostazje, schizmę, herezję formalną. Biskupi mogą na swoim terenie rozszerzyć tę listę o lokalne przewinienia.

Jan Bodakowski