Częstokroć całe grupy pielgrzymów czuły w obecności Ojca Pio cudowny zapach, przy czym zazwyczaj każdy w innej mierze.

Ten zapach wyczuwali również często ci, którzy w potrzebie zwracali się w swoim sercu do stygmatyka -

była to jakby odpowiedź, ze ich prośba została wysłuchana, zdarzało się to zarówno za życia, jak i po śmierci Ojca Pio.

Ten zapach jest potwierdzeniem jego przychylności, obecności i opieki.

 

Zapachy Ojca Pio mają znaczenie symboliczne:
- zapach fiołków składnia do pokory
- zapach róż do praktykowania miłości

- kadzidło na modlitwę i ofiarę

- lawenda czy mydło na oczyszczenie sumienia

- świeży chleb na zaproszenie przyjęcia komunii świętej
-krew na rozmyślanie Męki Jezusa
-spalona guma lub kadzidło wskazuje na ochronę Ojca Pio
-fenol na oczyszczenie, poprawe
-kamfora na cierpienie

-kwiaty w ogólności na obecność Ojca Pio
-orientalny tytoń na zjednoczenie z Ojcem Pio

Ojciec Modestino, furtian klasztoru, relacjonował: „Służyłem do mszy świętej Ojca Pio, kiedy zacząłem wąchać jego perfumy.

To było tak intensywne, że prawie zemdlałem i poprosiłem go w myślach, żeby przestał. Perfumy ustały.
Później zapytałem o to Ojca Pio: „Mój synu, to nie ja. To Pan Bóg. On decyduje, kto go wącha i kiedy. Wszystko dzieje się, kiedy On chce."

 

Domenico Tognola z Zurychu w Szwajcarii napisał do klasztoru w San Giovanni Rotondo: „Pewnego ranka obudziłem się i poczułem silny zapach fiołków, róż i lilii. Rozpoznałem to jako związane z Ojcem Pio i zastanawiałem się, co to może znaczyć. Zrozumiałem, jego znaczenie, gdy listonosz przyniósł mi list od mojego brata, którego nie widziałem od trzydziestu dwóch lat myslalem, że on już nie żyje. Modliłem się do Ojca Pio o jakiekolwiek wiadomości dotyczące mojego brata, a to była odpowiedź na moją modlitwę ".

 

Dr Festa był jednym z pierwszych badaczy ran Ojca Pio. Świadczył:
„Podczas mojej pierwszej wizyty wziąłem od Ojca Pio niewielką tkaninę poplamioną krwią, aby zrobić badanie mikroskopowe w Rzymie. Jestem całkowicie pozbawiony węchu, ale osoby, które były ze mną w samochodzie, wyczuły zapach bardzo wyraźnie i powiedziały, że odpowiada on perfumom emanującym od Ojca Pio. Nie wiedzieli, że mam tkaninę zamkniętą w etui. "
„W Rzymie zakonserwowałem materiał w szafce w moim gabinecie. Pokój był często wypełniony perfumami, a wielu pacjentów spontanicznie pytało mnie, skąd pochodzą perfumy ".

 

W 1998 roku miał Lauro Bonaguro z Ferrary udar. Był sparaliżowany z prawej strony, przez to miał problemy z mówieniem. Po miesiącu pobytu w szpitalu wrócił do domu, wciąż nie mogąc chodzić ani podnosić ręki, z ostrymi bólami. 2 maja 1999 r., Oglądając w telewizji ceremonię beatyfikacji, wraz z żoną poczuli mocny zapach „prawie duszący". Żona chodziła po całym domu i po ogrodzie. Nie było żadnego wyjaśnienia. W momencie odsłonięcia wizerunku Ojca Pio perfumy stały się jeszcze mocniejsze. Skończyło się po kilku minutach. Nieco później żona Lauro zobaczyła go stojącego w łazience jak czesał włosy. Nie zdawał sobie sprawy, że chodzi normalnie i używa prawej ręki, tak jak kiedyś. Znowu zaczął pracować.