Przyszedł na świat 1 marca 1897 r. we wsi Ossa na Mazowszu, w rodzinie ubogich rolników z Kielecczyzny. Naukę rozpoczął w szkole podstawowej w Lelowie. Od 1907 r. uczęszczał do prywatnego Gimnazjum gen. Pawła Chrzanowskiego w Warszawie, lecz ze względu na sytuację materialną musiał przerwać naukę i kształcił się samodzielnie.

 

W 1910 r. został uczniem państwowego Gimnazjum im. Św. Stanisława Kostki w Warszawie. W 1915 r. wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego w Sandomierzu, w którym cztery lata później otrzymał święcenia kapłańskie. Od jesieni tego roku studiował teologię na Uniwersytecie Warszawskim.

 

Po wybuchu wojny polsko-bolszewickiej zgłosił się na ochotnika jako kapelan. Służbę pełnił w 8 Pułku Piechoty Legionów. Po wojnie wznowił studia. W 1922 r. wyjechał na pięć miesięcy do Rzymu, gdzie uczęszczał na wykłady z zakresu archeologii chrześcijańskiej w Instytucie Biblijnym i Wschodnim. W 1923 r. ukończył studia wyższe i otrzymał absolutorium Uniwersytetu Warszawskiego.

 

W tym samym roku zamieszkał w Laskach pod Warszawą, zostając pierwszym kapelanem tworzącego się Zakładu dla Ociemniałych. Przez kolejne lata pracował jako wikariusz i katecheta w Radomiu, a następnie w Zawichoście. W 1928 r. został przeniesiony do diecezji pińskiej, gdzie pełnił funkcję m.in. ordynariusza pińskiego oraz dyrektora Diecezjalnego Instytutu Akcji Katolickiej i animatora „Caritas”.

 

W latach 1932-1934 studiował judaistykę na Uniwersytecie Warszawskim. Po powrocie do Pińska został wykładowcą katechetyki w Wyższym Seminarium Duchownym oraz pełnił funkcję prefekta szkół powszechnych i wizytatora nauczania religii. W 1937 r. został kapelanem sióstr urszulanek i duszpasterzem okolicznej ludności w Mołodowie.

 

Po wybuchu II wojny światowej został przydzielony do 84. Pułku Strzelców Poleskich. Po zaciętych walkach w Modlinie na początku października 1939 r. trafił do niewoli. Przez prawie dwa miesiące przebywał przy szpitalu w Modlinie i Legionowie. Po zwolnieniu wrócił do Zakładu dla Ociemniałych w Laskach.

 

Wkrótce włączył się aktywnie w działalność ruchu oporu. Współpracował z Frontem Odrodzenia Polski, brał też udział w akcji ratowania Żydów, współpracując z Radą Pomocy Żydom „Żegota”. Został naczelnym kapelanem Szarych Szeregów, a później Komendy Głównej Armii Krajowej oraz Batalionów Chłopskich.

 

W trakcie powstania warszawskiego był kapelanem pułku „Baszta” walczącego na Mokotowie. Po upadku powstania trafił do obozu przejściowego w Pruszkowie, z którego uciekł do Krakowa. Następnie dobrowolnie wyjechał na roboty na Pomorze, aby wspierać duchowo Polaków wywożonych na przymusowe prace.

 

Po zakończeniu wojny trafił na Ziemie Odzyskane, pełniąc różne funkcje kościelne w tamtejszych parafiach. Aktywnie włączył się również w działalność charytatywną oraz społeczną, m.in. w Słupsku otworzył pierwszy w Polsce Dom Matki i Dziecka.

 

Z przyczyn zdrowotnych w 1949 r. wrócił do Warszawy. Pracował w parafii św. Wawrzyńca na Woli a później w Jelonkach. Od 1950 r. pełnił funkcję rektora kościoła sióstr wizytek. Od 1957 r. prowadził wykłady w Wyższym Seminarium Duchownym w Drohiczynie.

 

W okresie PRL zaangażował się w działalność opozycyjną. Kiedy w 1953 r. internowano Prymasa Polski kard. Stefana Wyszyńskiego, wygłosił słynne kazanie, po którym komunistyczne władze zażądały jego usunięcia z Warszawy jako „uciążliwego obywatela”. W 1956 r. został współtwórcą i kapelanem Klubu Inteligencji Katolickiej.

 

Od 1963 r. mieszkał w domu Sióstr Urszulanek Szarych na warszawskim Powiślu. Z powodów zdrowotnych został zwolniony z obowiązków kapłańskich i zajmował się głównie pracą pisarską. Był autorem wielu artykułów, książek  i publikacji oraz tłumaczeń z literatury obcej.

 

W 1975 r. był sygnatariuszem listu 59, będącego protestem przeciwko zmianom w konstytucji i zapisaniu w niej kierowniczej roli PZPR. Rok później znalazł się wśród 14 sygnatariuszy założycielskiego apelu Komitetu Obrony Robotników. Należał do sympatyków „Solidarności”, wspierając ją duchowo od jej początków aż do swej śmierci.

 

Ks. Jan Zieja zmarł 19 października 1991 r. Został pochowany na cmentarzu w Laskach.

 

Za zasługi ks. Zieja został uhonorowany m.in. Krzyżem Srebrnym Orderu Wojennego Virtuti Militari, Warszawskim Krzyżem Powstańczym i Krzyżem Walecznych. Ze strony Kościoła katolickiego otrzymał godność prałata domowego Jego Świątobliwości papieża Jana XXIII oraz kanonika teologa Kapituły Katedralnej Pińskiej.

 

W 2006 r. Prezydent RP Lech Kaczyński odznaczył go pośmiertnie Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski.