To Pilecki został po „wyzwoleniu” w 1945 r. oskarżony przez komunistów o szpiegostwo, zamordowany i wyrzucony na śmietnik (prawdopodobnie kwatera „Ł” warszawskich Powązek Wojskowych).

Zagrożony dekonspiracją Pilecki opracował plan ucieczki z Auschwitz z dwoma więźniami – Janem Redzejem i Edwardem Ciesielskim. Po sfałszowaniu wielu dokumentów cała trójka otrzymała zgodę gestapo na pracę w obozowej piekarni poza terenem obozu – na nocnej zmianie. Bramę z napisem „Arbeit macht frei” przekroczyli o godz. 18:30.

Około godz. 2 w nocy otworzyli żelazne drzwi podrobionym wcześniej kluczem, sforsowali je, a pilnujących ich SS-manów zabarykadowali od zewnątrz. Wyruszyli wzdłuż Soły aż do ujścia do Wisły. Znalezioną przy brzegu łódką przedostali się na drugi brzeg. Noc spędzili zakopani w liściach. Rankiem ruszyli w kierunku Alwerni. Tu miejscowy ksiądz nakarmił ich i pomógł przekroczyć granicę Rzeszy i Generalnej Guberni. Szli przez Tyniec i okolice Wieliczki. 1 maja 1943 r. w Puszczy Niepołomickiej natknęli się na uzbrojonych Niemców. Pilecki został postrzelony w ramię, ale tak jak dwaj pozostali uciekinierzy zdołał ujść pogoni. Przedostali się do Bochni, a następnie do Nowego Wiśnicza.

Tu Pilecki skontaktował się z oficerami AK, którym przedstawił swój plan ataku na KL Auschwitz. Zorganizowana przez niego obozowa konspiracja zbrojna miała otrzymać pomoc Armii Krajowej z zewnątrz. Dowództwo w Warszawie uznało jednak plan za zbyt ryzykowny. Witold Pilecki uciekał nie po to, aby ratować własne życie, ale aby przez wszczęcie powstania zbrojnego w obozie zapobiec Holocaustowi Żydów i Polaków. Świat pozostał głuchy również na alarmujące o ludobójstwie raporty rotmistrza z Auschwitz.

Po zakończeniu wojny z Niemcami Pilecki przedostał się do 2 Korpusu Polskich Sił Zbrojnych we Włoszech. Do kraju wrócił na jesieni 1945 r.
- Dla ojca walka się nie skończyła - mówi Zofia Optułowicz, córka rotmistrza. - Składał przecież żołnierską przysięgę na wierność Rzeczypospolitej i jej legalnym władzom. Nowej, ludowej rzeczywistości nie zaakceptował. Marzył o wolnej Polsce.

W czerwcu 1946 r. Pilecki dostał informację o grożącym mu niebezpieczeństwie. Odrzucił jednak propozycję wyjazdu wraz z żoną i dziećmi do Londynu. Zamiast tego wysłał list do komunistycznego premiera Józefa Cyrankiewicza, w którym zarzucił mu, że kłamliwie przedstawia swoje zasługi dla obozowej konspiracji. W KL Auschwitz więźniowie przyrzekli sobie, że jeśli przeżyją, będą mówić tylko prawdę...
W maju 1947 r. Pilecki został aresztowany przez UB. Eleonora Ostrowska, kuzynka i łączniczka rotmistrza wspominała:

- Któregoś dnia przyszło do mnie dwóch panów. Prosili, abym wydała im pamiętnik i wszystkie rzeczy Witolda. Zgodziłam się, bo pokazali upoważnienie z oryginalnym podpisem Pileckiego. Nie wiedziałam wówczas, że jest już na UB. Potem zrozumiałam, że w pamiętniku mogły być materiały podważające rolę Cyrankiewicza w obozie.
W marcu 1948 r. Pilecki, wraz ze współpracownikami, stanął przed Wojskowym Sądem Rejonowym w Warszawie. Proces był pokazowy, starannie nagłośniony przez reżimową prasę jako sprawa szpiegów Andersa. 15 marca 1948 Witold Pilecki, Maria Szelągowska i Tadeusz Płużański (mój Ojciec) zostali skazani na karę śmierci. Pileckiego „prezydent” Bierut nie ułaskawił. Dobrowolne pójście do KL Auschwitz okazało się... argumentem przeciw rotmistrzowi – komuniści przedstawiali go jako zdrajcę i konfidenta gestapo.

Cyrankiewicz był wystarczająco wpływowy, aby uratować rotmistrza przed śmiercią. W latach 80. Zofia Optułowicz poszła do niego, aby pomógł odnaleźć grób ojca. Powiedziała, że jest córką Witolda Pileckiego. Wówczas Cyrankiewicz zapytał: „Kto to jest?”
Według relacji dr Rafała Brzeskiego Pilecki po powrocie do kraju w 1945 r. zwierzył się działaczowi przedwojennej PPS Timofiejowi Jarudze, że w Auschwitz działał konfident, który do obozu trafił z Krakowa, przewieziony następnie do Mauthausen, po wojnie stanął na czele podporządkowanej komunistom Polskiej Partii Socjalistycznej.

Tadeusz Płużański