W artykule „I ty zostaniesz antysemitą", opublikowanym na portalu Interia, Rafał Ziemkiewicz stwierdził, że Muzeum Historii Żydów Polin szerzy kłamstwa o rzekomym wrodzonym antysemityzmie Polaków, którego przejawem był marzec 68 i który obecnie wspierany jest rzekomo przez PiS. Zdaniem Rafała Ziemkiewicza problemem antypolskich kłamców szerzących łgarstwa o rzekomym polskim antysemityzmie jest to, że w Polsce takiego antysemityzmu, na tle tego co się dzieje w Europie Zachodniej, nie ma. Jednak, zdaniem Rafała Ziemkiewicza, głosiciele rzekomego polskiego antysemityzmu poradzili sobie z brakiem ekscesów antysemickich w Polsce głosząc, że istnieje "antysemityzm wtórny", który polega „na wypieraniu się antysemityzmu". "Kto się wypiera, kto neguje swoją odpowiedzialność za wiekowe prześladowania Żydów (a w oficjalnej narracji żydowskiej, co bardzo dobitnie udokumentował w swej książce Paweł Lisicki, odpowiedzialni za nie są wszyscy) i za ich prześladowania najnowsze, kto zaprzecza, że jest winny i że jest antysemitą - ten jest antysemitą ipso facto, jako antysemita wtórny" tłumaczył. W narracji filosemitów i Żydów, zdaniem Rafała Ziemkiewicza, Polacy wypierają się swojego rzekomego antysemityzmu, bo są „podludźmi, na wiek wieków obciążonymi brzemieniem win i koniecznością pokutowania za nie" i zamiast tego czczą swoich bohaterów (w tym i tych z AK). W opinii Rafała Ziemkiewicza „ponieważ tak sformułowana narracja wymaga wskazania we współczesnej, pisowskiej Polsce antysemitów wśród ludzi prominentnych, sławnych, działających w głównym nurcie mediów, Polin (...), zbrojny w teorię "wtórnego antysemityzmu" pointą ekspozycji o marcowej "mowie nienawiści" uczynił tłiterowe wpisy Magdaleny Ogórek i mój". Jak przypomina Rafał Ziemkiewicz Magdalena „Ogórek ośmieliła się uszczypnąć byłego ministra i marszałka Sejmu Marka Borowskiego (...), który poprzez zmianę nazwiska ukrył swe pokrewieństwo z jedną z najgorszych stalinowskich kanalii". Rafał Ziemkiewicz został przez Polin uznany za wzorcowego antysemitę "bluzgnął ostrą - obelgą "głupie parchy" pod adresem niewymienionych z nazwiska, ale wiadomo których polityków i dziennikarzy izraelskich, którzy dla swoich tak przyziemnych interesów, jak odwrócenie uwagi od oskarżeń o korupcję czy urwanie paru punktów w sondażach, rozpętali w swym kraju nienawiść do Polski i tym samym zadali nieodwracalne szkody z trudem budowanym latami dobrym relacjom polsko-izraelskim. "Przyznacie Państwo, że antysemityzm polegający na zbluzganiu kogoś za to, że niweczy dobre stosunki Polski z Żydami to perwersyjnie smakowita sprawa" oświadczył. Dodatkowo za dowód rzekomego antysemityzmu Rafała Ziemkiewicza Polin uznał jego artykuł "Żydzi do Gazy", w którym publicysta wspierał prawo Izraela do walki z palestyńskimi bojownikami. W akcie szalowania Polski i Polaków Rafała Ziemkiewicza bulwersuje to, że „Polin jest wśród muzeów rekordzistą w przerabianiu państwowych pieniędzy - w tym roku ponad 8 milionów, ledwie jedno muzeum w kraju dostaje odrobinę więcej. I za te pieniądze zajmuje się głównie budowaniem i upowszechnianiem w kraju i na świecie narracji, że wszyscy Polacy to antysemici, z wyjątkiem tych, którzy głoszą, że wszyscy Polacy to antysemici (...). Na te oskarżenia rząd PiS reaguje obietnicami sypnięcia naszą, podatniczą kasą, na kolejne żydowskie muzea - powstania w getcie, chasydów". Rafał Ziemkiewicz w swoim felietonie wyraził obawę, że jeżeli nowe żydowskie muzea tworzone przez PiS za pieniądze podatników znajdą się pod zarządem takich samych ludzi jak ci od muzeum Polin to pewnie staną się kolejnymi instytucjami szerzącymi nienawiść do Polski i Polaków. Na stronie muzeum Polin można przeczytać, że „Muzeum Historii Żydów Polskich jest pierwszą w Polsce instytucją publiczno-prywatną, stworzoną wspólnie przez rząd (Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego), samorząd lokalny (Miasto Stołeczne Warszawa) i organizację pozarządową (Stowarzyszenie Żydowski Instytut Historyczny). Na mocy aktu założycielskiego strona publiczna sfinansowała budowę budynku muzeum (koszt inwestycji: ok. 180 mln zł; inwestycja przeprowadzona przez Miasto Stołeczne Warszawa) oraz pokrywa większość bieżącego budżetu" Ogromny budynek Muzeum sfinansowany został pieniędzmi mieszkańców Warszawy. Decyzje o przekazaniu 40.000.000 zł podjął Lech Kaczyński. Na stronach Muzeum dyrektor muzeum Jerzy Halbersztadt wspomina jak pod koniec 2003 roku pod wpływem Lecha Kaczyńskiego „prawie cały klub PiS poparł" finansowanie przez warszawskich podatników budowy Muzeum „razem z SLD, Unią Pracy, Platformą Obywatelską, większością PSL-u i konserwatywnym SKL". Dwa lata później, w 2005 roku, Lech Kaczyński pełniąc obowiązki prezydenta Warszawy, zaproponował ówczesnemu ministrowi kultury, by Muzeum powołało wspólnie Ministerstwo, Żydowski Instytut Historyczny i miasto Warszawa. Lech Kaczyński zdecydował również że Warszawa pokryje połowę kosztów budowy budynku. Wkład finansowy Warszawy w budowę Muzeum Historii Żydów Polskich wyniósł 40.000.000 złotych w gotowce i działce o powierzchni 12 929 m2 w centrum Warszawy – według cen działek w Warszawie wartej 130.000.000 złotych. Wkład finansowy Warszawy o którym zadecydował Lech Kaczyński zmusił Ministerstwo Kultury do podobnego 40.000.000 zł wydatku.