Jak poinformował na swoich stronach portal Dzieje pl (w artykule „Sprawa niszczenia akt w archiwach wojskowych trafiła do śledczych IPN w Warszawie") „w ocenie Wojskowego Biura Historycznego w latach 1990-2009 bezprawne niszczenie objęło "dziesiątki tysięcy jednostek archiwalnych" dotyczących PRL. Działo się to wbrew ustawie o IPN z 1998 roku, która „nakłada obowiązek przekazania takich materiałów do archiwum IPN". O procederze dyrekcja WBH poinformowała Oddziałową Komisje Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Warszawie. Według dyrektora WBH prof.Sławomira Cenckiewicza zniszczono setki tysięcy stron, w tym i bezcenne materiały dla historyków, w tym dokumenty „Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego, sądów i prokuratur z okresu stalinowskiego, Głównego Zarządu Informacji, Wojskowej Służby Wewnętrznej, Zarządu II Sztabu Generalnego, Szefostwa Wojsk Ochrony Pogranicza". Wśród zniszczonych dokumentów znalazły się „akta dotyczące broni atomowej, meldunki o nastrojach w Ludowym Wojsku Polskim z lat 60., 70., 80.; akta i materiały personalne, akta Głównego Zarządu Politycznego, akta RSW - "Prasa-Książka-Ruch", akta nieruchomości nabywanych przez oficerów, akta Gabinetu MON". Złożone przez dyrektora WBH prof. Sławomira Cenckiewicza zawiadomienie do prokuratury „o uzasadnionym podejrzeniu popełnienia przestępstwa" dotyczy kierownictwa oraz "pracowników archiwów wojskowych i Centralnego Archiwum Wojskowego". W wywiadzie dla Tomasza Plaskota z portalu „W polityce" prof. Jan Żaryn stwierdził, że jest zaszokowany tym, że za rządów PO niszczono tak ważne archiwa, tym, że politycy PO lekceważyli swoje obowiązki polegające na ochronie zasobu archiwalnego. Zdaniem prof. Żaryna „te akta miały dużą wartość źródłową jeżeli chodzi o rozpoznanie konstrukcji PRL i jego zależności od Moskwy, w tym od struktur wojskowych i wywiadowczych. Zniszczenie tych akt stanowi zaniedbanie i przestępstwo". Zdaniem prof. Żaryna „dokumenty dotyczące PRL są bardzo ważne z perspektywy budowania jakości demokracji w Polsce". W opinii prof. Żaryna pochodzące między innymi z PO „ekipy rządzące w III RP nie do końca miały władzę nad przestrzenią publiczną za którą brali odpowiedzialność. Chodzi m.in. o ministerstwo obrony narodowej. Podlegające mu struktury wojskowe rządziły się własną logiką w podejmowaniu decyzji oraz własną logiką w zobowiązaniach sięgających układów, struktur, awansów, które były dziełem ekipy gen. Jaruzelskiego". W wywiadzie „Dr Gontarczyk o odkryciu WBH: Skala patologii jest ogromna. W archiwach wojskowych masowo kradziono i niszczono dokumenty" dla Tomasza Plaskota z portalu „W polityce" dr Piotr Gontarczyk stwierdził, że nie jest zaskoczony niszczeniem wojskowych archiwaliów bo proceder ten, i proceder kradzieży (prywatyzacji) archiwaliów był od lat znany w środowisku historyków. Zdaniem historyka „w archiwach wojskowych kradło się dokumenty na potęgę" przykładem tego jest to, że „w archiwum „Karty" znajduje się spuścizna jednego z bardziej znanych historyków wojskowości. Wśród dokumentów archiwalnych znajdują się tam także oryginały. Nie ma poważniejszych wątpliwości, że raczej nie mogły one trafić do domu wspomnianego historyka w sposób legalny". Piotr Gontarczyk opisał też jak po publikacji w 2005 roku przez Lecha Kowalskiego biografii Wojciecha Jaruzelskiego „Generał ze skazą" w której „Lech Kowalski obszernie cytował rozmaite ważne dokumenty" w 2006 dyrekcja Centralnego Archiwum Wojskowego zniszczyła kilkaset teczek tych bezcennych dokumentów. „Zniszczono nie mniej niż kilkadziesiąt tysięcy stron dokumentów". W opinii Piotra Gontarczyka działo się tak, bo Wojsko Polskie w III RP było peerelowski skansen „w którym politykę kadrową przez ćwierć przez 30 lat kształtował Jaruzelski". Dopiero w 2015 roku likwidacje tego sowieckiego skansenu rozpoczął Antoni Macierewicz. Dla historyka skandal z niszczeniem archiwaliów PRL to nic wyjątkowego, ale kolejny przejaw patologii III RP. W opinii Piotra Gontarczyka skala zniszczonych archiwaliów jest gigantyczna, bo tylko w wypadku zniszczonych teczek dotyczących Jaruzelskiego, historyk naliczył „ponad 200 teczek, z których każda miała zapewne (taka jest tam statystyka) około 400-500 stron. To jest łącznie 80-100 tysięcy stron, z których znaczna część przedstawiała dużą wartość historyczną". Według historyka do zniszczenia gigantycznej ilości bezcennych dokumentów doszło bo „nie rozgoniono tej wojskowej bandy, podobnie jak tych z WSI" która broniła „socjalizmu, polsko-sowieckiego braterstwa broni (...) oraz pracujących w pocie czoła bohaterów z Informacji Wojskowej jak niepodległości. Nie chcieli odtajniać żadnych akt archiwalnych. Rozmowy z nimi to był prawdziwy szok kulturowy". W opinii Piotra Gontarczyka przed zniszczeniem akt nie zmikrofilmowano, tylko „raczej kradziono na potęgę akta archiwalne o dużej wartości, żeby mieć monopol naukowy" albo „niszczono na potęgę żeby ukryć, w czym było w istocie tak zwane ludowe Wojsko Polskie" - „nie robi się przed zniszczeniem kopii czegoś, co chciało się ukryć przed historykami i następnymi pokoleniami".