W ciągu wieków protestanci wypracowali trzy modele, wedle których były organizowane ich wspólnoty: episkopalizm, kongregacjonalizm i prezbiterianizm. Episkopalizm oznacza formę rządów, w której władza spoczywa w ręku biskupów (episkopatu). Odnosi się ją także do Kościoła katolickiego i cerkwi prawosławnej. Z reguły, w łonie protestantyzmu, za „kościoły” episkopalne uważa się wspólnoty wchodzące w skład anglikanizmu (gdzie była zachowana sukcesja apostolska, choć z czasem zanikła). Uznaje się, że luteranizm realizuje ustrój synodalny (synody rozstrzygają o najważniejszych rzeczach) bądź episkopalno-synodalny. Kongregacjonalizm (od łac. congregatio – wspólnota) stawia nacisk na niezależność i autonomię poszczególnych wspólnot. Jest on szczególnie popularny w USA i w Wielkiej Brytanii. Na początku opowiadali się za nim przede wszystkim purytanie. Bazuje on na przekonaniu, że Biblia pokazuje, iż pierwotne wspólnoty chrześcijańskie nie miały rozbudowanej struktury zarządzania i centralnej władzy. Jego powstanie wiąże się z tradycjami takich sekt, jak waldensi czy lollardzi, którzy odrzucali wszelką zwierzchność i hierarchię. Poszczególne wspólnoty należą do Unii Kościołów Kongregacjonalistycznych, która powstała w 1931 r., ale wciąż podkreślają niezależność pojedynczych wspólnot. Prezbiterianizm opiera się z kolei na władzy prezbiterów, czyli starszych zborów (duchownych i świeckich). Wspólnoty prezbiteriańskie zaczęły pojawiać się już w XVI w. Głównym propagatorem tego ustroju był John Knox, Szkot, który studiował wraz z Janem Kalwinem w Genewie. Początek prezbiterianizmu umiejscawia się wraz z ogłoszeniem tzw. Księgi Dyscypliny w 1560 r. Sam kalwinizm realizuje ustrój synodalno-prezbiterialny. Warto zauważyć, że Jan Kalwin stworzył koncepcję organizacyjną wspólnoty opierającą się na czterech urzędach: pastora (ministra), nauczyciela (doktora), starszego (seniora) i diakona. Najważniejszym elementem tego systemu byli jednak starsi. Pierwszą istotną kwestią jest to, że protestanci nie traktują widzialnej wspólnoty i jej struktury jako mistycznego ciała Chrystusa, a same modele zarządzania nią, uważają jedynie za ludzkie i wybrane z przyczyn pragmatycznych. Dla Lutra wszyscy ludzie na mocy chrztu są kapłanami i biskupami. Bycie pastorem lub biskupem to jedynie kwestia urzędu. Kościół ma naturę przede wszystkim duchową. Takie ujęcie upodabnia protestantów do wyznawców judaizmu. Żydzi traktują bowiem siebie jako naród wybrany, a organizacyjna strona judaizmu, urzędy i stanowiska są pojmowane jedynie jako coś administracyjnego. O ile episkopalizm naśladuje strukturę Kościoła katolickiego, a kongregacjonalizm bazuje na duchu indywidualizmu, zaczerpniętym z różnych sekt gnostyckich, to prezbiterianizm wprost odwołuje się do wzorców żydowskich. Rada starszych to instytucja, która działa także w gminie żydowskiej. Rabin, jak pastor jest wybierany przez wspólnotę i przez nią kontrolowany. Unia gmin żydowskich, jak unia zborów, sprawuje nadzór nad pojedynczymi gminami, może zmieniać rabinów, a także dba o potrzeby poszczególnych wspólnot. W razie potrzeby powołuje się w gminach dodatkowe urzędy.