Burkhardt przeprowadził operację na sześciu pacjentach, mając na celu nie przywrócenie pacjentów do stanu zdrowia psychicznego, ale wprowadzenie ich w stan spokoju. Jeden z pacjentów Burkhardta zmarł kilka dni po operacji, a inny później popełnił samobójstwo (choć nie jest jasne, czy samobójstwo było związane z operacją). Kilku pacjentów jednak było łatwiejszych do opanowania po operacji. Na pomysł na operację wpływ miały prace niemieckiego fizjologa Friedrich Goltza, który przeprowadził eksperymenty z ablacją mózgu (chirurgicznym usunięciem tkanki) na psach i zaobserwował wyraźne zmiany w zachowaniu zwierząt. W dziesięcioleciach następujących po pracy Burkhardta było niewiele prób chirurgicznego uszkodzenia ludzkiego mózgu.
W 1935 roku amerykańscy neuronaukowcy Carlyle F. Jacobsen i John Fulton przedstawili wyniki eksperymentu polegającego na ablacji płata czołowego u szympansów. Przed ablacją jedno ze zwierząt stawało się niespokojne, gdy dokonywało nieprawidłowego wyboru podczas zadania pamięciowego; ta odpowiedź została wyeliminowana przez operację. (Drugie zwierzę w badaniu doświadczyło odwrotnej reakcji; będąc stosunkowo posłusznym, po ablacji doświadczało pobudzenia podczas wykonywania zadania).

Również w 1935 roku portugalski neurofizyk António Egas Moniz kierował podobną operacją u człowieku. Operacja polegała na wywierceniu dwóch otworów w głowie pacjenta, a następnie wstrzyknięciu czystego alkoholu etylowego do kory przedczołowej. Alkohol był używany do zakłócania dróg neuronalnych, które, jak sądzono, powodowały i wzmacniały powtarzające się wzorce myślowe obserwowane u pacjentów chorych psychicznie. W tamtym czasie ta pierwsza operacja została uznana za sukces, ponieważ wydawało się, że objawy ciężkiej paranoi i niepokoju uległy zmniejszeniu. Moniz i Lima następnie przeprowadzili operację na niewielkiej grupie pacjentów, udoskonalając procedurę na bieżąco.

Moniz stworzył instrument o nazwie aleukotom (leukotom), zaprojektowany specjalnie w celu przerwania ciągów włókien neuronalnych łączących korę przedczołową i wzgórze mózgu. Był to ośmiocentrymetrowy szpikulec wprowadzany do mózgu. Moniz i Lima zoperowali prawie 40 pacjentów do 1937 roku, jednak wyniki były mieszane. U niektórych pacjentów nastąpiła poprawa, u innych brak zmian w objawach, a u jeszcze innych nawrót choroby. Mimo to praktyka ta została wkrótce szeroko przyjęta, głównie dlatego, że w tamtym czasie było niewiele innych środków terapeutycznych służących do uspokojenia chronicznie pobudzonych, urojeniowych, autodestrukcyjnych lub agresywnych pacjentów.

Lobotomie wykonywano na szeroką skalę w latach czterdziestych XX wieku. Sam Freeman wykonał lub nadzorował ponad 3500 lobotomii (z tego 490 pacjentów zmarło) do późnych lat sześćdziesiątych. Pomimo sprzeciwu niektórych lekarzy stała się głównym nurtem psychiatrii z ponad 1000 operacji rocznie w Wielkiej Brytanii w szczytowym okresie. Lobotomie były szeroko stosowane od późnych lat trzydziestych do wczesnych pięćdziesiątych XX wieku. Według jednego z artykułów badawczych z 2013 r., w Stanach Zjednoczonych i Europie wykonano około 60 000 lobotomii w ciągu dwóch dekad po wynalezieniu procedury. W latach pięćdziesiątych XX wieku niebezpieczeństwa i skutki uboczne lobotomii stały się jednak powszechnie znane, przyciągając większą uwagę lekarzy i opinii publicznej.
Niektóre głośne incydenty pomogły skierować opinię publiczną przeciwko lobotomii. Na przykład

Freeman poddał siostrę prezydenta Johna F. Kennedy'ego, Rosemary, lobotomii, w wyniku której stała się trwale niezdolna do pracy. Zabieg ten stosowano w leczeniu szeregu chorób, od schizofrenii po depresję i zaburzenia kompulsywne. 
Praktyka ta stopniowo była porzucana, począwszy od połowy lat pięćdziesiątych XX wieku, kiedy zaczęto stosować leki przeciwpsychotyczne, przeciwdepresyjne i inne, które były znacznie skuteczniejsze w leczeniu i łagodzeniu cierpienia pacjentów z zaburzeniami psychicznymi. Dziś lobotomia jest rzadko wykonywana; jednakże terapia szokowa i psychochirurgia (chirurgiczne usunięcie określonych obszarów mózgu) są czasami stosowane w leczeniu pacjentów, których objawy oparły się wszystkim innym metodom leczenia.

Chris Klinsky