Elżbieta Zawacka urodziła się 19 marca 1909 r. w Toruniu w wielodzietnej rodzinie, kultywującej tradycje patriotyczne. Uczęszczała do tamtejszego Żeńskiego Gimnazjum Humanistycznego, w którym zdała maturę, a następnie podjęła studia matematyczne na Uniwersytecie Poznańskim.

Po ukończeniu studiów pracowała jako nauczycielka, kolejno w Otorowie, Sompolnie, Toruniu i od 1937 r. w Tarnowskich Górach. Jednocześnie działała w Przysposobieniu Kobiet do Obrony Kraju (późniejsze Przysposobienie Wojskowe Kobiet), będąc najpierw instruktorką, a później komendantką Regionu Śląskiego PKW w Katowicach.

We wrześniu 1939 r. jako żołnierz Kobiecego Batalionu Pomocniczej Służby Wojskowej brała udział w obronie Lwowa. W październiku wstąpiła do nowo powstałej Służby Zwycięstwu Polski, współtworząc jej struktury na Śląsku. Następnie w Związku Walki Zbrojnej kierowała łącznością w Okręgu Śląskim.

Pod koniec 1940 r. przeniesiono ją do Warszawy. Jako perfekcyjnie władająca językiem niemieckim została kurierką V Oddziału Komendy Głównej ZWZ. Posługując się fałszywymi dokumentami, granicę z III Rzeszą przekraczała ponad sto razy. Na Zachód przewoziła meldunki i raporty Komendy Głównej ZWZ-AK, do Warszawy powracała z pocztą i pieniędzmi. W przerwach między misjami uczyła na tajnych kompletach.

W lutym 1943 r. wyruszyła jako emisariuszka Komendanta Głównego AK gen. Stefana Roweckiego „Grota” przez Niemcy, Francję, Hiszpanię i Gibraltar do sztabu Naczelnego Wodza w Londynie. Miała tam przedstawić sytuację z okupowanej ojczyzny, sprawdzić stan łączności między Polską a Londynem oraz poruszyć sprawę kobiet w wojsku polskim.

W Wielkiej Brytanii przeszła szkolenie dla cichociemnych. Do kraju powróciła skokiem spadochronowym z 9 na 10 września 1943 r. jako jedyna kobieta pośród 316 cichociemnych, po czym zameldowała się Komendzie Głównej AK.

Gdy wiosną 1944 r. pojawiło się zagrożenie aresztowaniem, wycofano ją z działalności kurierskiej. Do lipca 1944 r. ukrywała się w klasztorze sióstr niepokalanek w Szymanowie koło Sochaczewa.

Brała udział w powstaniu warszawskim w ramach Wojskowej Służby Kobiet. Po kapitulacji wyszła z miasta wraz z ludnością cywilną. Przedostała się do Krakowa, gdzie odbudowywała zerwaną łączność ze Sztabem Naczelnego Wodza. Podczas swojej służby wielokrotnie uniknęła aresztowania przez gestapo, będąc poszukiwaną listami gończymi na terenie Rzeszy.

Po demobilizacji w lutym 1945 r. dalej działała w konspiracji: najpierw w Delegaturze Sił Zbrojnych na Kraj, następnie w Zrzeszeniu Wolność i Niezawisłość. Kontynuowała też rozpoczęte w czasie wojny studia z zakresu pedagogiki społecznej, po których ukończeniu podjęła pracę w Państwowym Urzędzie Wychowania Fizycznego i Przysposobienia Wojskowego. W 1948 r. powróciła do zawodu nauczyciela, pracując w Łodzi, Toruniu i Olsztynie.

We wrześniu 1951 r. została aresztowana przez UB. Po kilkumiesięcznym śledztwie i ciężkich przesłuchaniach została skazana na 10 lat więzienia za „szpiegostwo na rzecz obcego wywiadu i działalność na szkodę państwa polskiego”. Na wolność wyszła w 1955 r.

Wróciła do pracy w szkolnictwie. W 1965 r. obroniła doktorat i podjęła pracę na stanowisku adiunkta Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Gdańsku. Po uzyskaniu habilitacji w 1973 r. powróciła do Torunia i rozpoczęła pracę w Instytucie Pedagogiki i Psychologii Uniwersytetu Mikołaja Kopernika.

Od lat 60. XX w. gromadziła materiały historyczne dokumentujących działalność Armii Krajowej. W 1976 r. wyjechała na kwerendę do Studium Polski Podziemnej w Londynie. Po powrocie spotkała ją fala represji ze strony władz komunistycznych - materiały zostały skonfiskowane na lotnisku, mieszkanie poddano przeszukaniu. W efekcie tych wydarzeń, na skutek pogarszającego się stanu zdrowia, w 1978 r. przeszła na wcześniejszą emeryturę.

W latach 80. zaangażowała się w działalność w „Solidarności”. Była współzałożycielką Światowego Związku Żołnierzy Armii Krajowej oraz inicjatorką powstania Fundacji „Archiwum Pomorskie AK” w Toruniu dokumentującej udział Pomorza w walce do niepodległość. W 1996 r. otrzymała nominację na profesora nauk humanistycznych.

Była odznaczona najwyższymi odznaczeniami wojskowymi i cywilnymi - Orderem Orła Białego i dwukrotnie Krzyżem Srebrnym Orderu Wojennego Virtuti Militari. W 2006 r. Prezydent RP Lech Kaczyński awansował ją do stopnia generała brygady. Została wówczas drugą po Marii Wittek kobietą–generałem w historii Wojska Polskiego.

Gen. Elżbieta Zawacka zmarła 10 stycznia 2009 r., 68 dni przed swoimi setnymi urodzinami. Została pochowana na Cmentarzu św. Jerzego w Toruniu z honorami wojskowymi. Fundacja, którą założyła, po jej śmierci przyjęła nazwę Fundacji Generał Elżbiety Zawackiej.