Podczas niemieckiej okupacji Chłaniów i okoliczne wsie były rejonem działań partyzantki sowieckiej i komunistycznej. Wielu z mieszkańców wsi było zaangażowanych w działalność konspiracyjną. Wzrastająca wciąż rola miejscowości jako ważnego ośrodka ruchu oporu nie uszła uwadze okupanta.

Pierwsza pacyfikacja wsi miała miejsce w październiku 1942 r. Wszystkich mieszkańców spędzono na środek wsi, a następnie ze zgromadzonych wybrano 25 osób, które aresztowano. 16 z nich zostało straconych w obozie na Majdanku.

22 lipca 1944 r. przez Chłaniów przejeżdżała kolumna Ukraińskiego Legionu Samoobrony (ULS), kolaborującej z hitlerowcami formacji składającej się z ukraińskich ochotników. Na czele kolumny jechał samochód osobowy z dwoma niemieckimi oficerami oraz ukraińskim dowódcą.

We wsi doszło do starcia z partyzantami, w trakcie którego wiozący oficerów wóz został obrzucony granatami. Podczas wymiany ognia zginął niemiecki dowódca legionu SS-Hauptsturmführer Siegfried Assmuss. Pozostali pasażerowie zdołali zbiec.

Następnego dnia rozpoczął się krwawy odwet. We wczesnych godzinach rannych do otoczonej wsi weszli żołnierze ULS, strzelając z karabinów, podpalając domy i rabując mienie mieszkańców. Podczas pacyfikacji zamordowano 45 osób, w tym wiele kobiet oraz dzieci. Większość ofiar została z zimną krwią zastrzelona.

Dziś na cmentarzu w Chłaniowie, w środkowej części kwatery wojennej, znajduje się zbiorowa mogiła, a na niej płyta z nazwiskami ofiar pacyfikacji. W kolejne rocznice tragedii odbywają się tu uroczystości patriotyczne z udziałem przedstawicieli władz, kombatantów i lokalnej społeczności.