Starogard Gdański został zajęty przez oddziały Wehrmachtu 2 września 1939 r. Kilka dni później rozpoczęły się masowe aresztowania, których ofiarą padali przede wszystkim przedstawiciele polskiej inteligencji. Zatrzymanych kierowano do miejscowego więzienia jako zakładników politycznych.

Więzienie w Starogardzie, do którego trafiło 30-50 aresztowanych dziennie, szybko się zapełniło. W celu odciążenia zakładu karnego Niemcy zorganizowali prowizoryczny obóz dla internowanych w pobliskim Skórczu. Na więzienie zamieniono też starogardzką Basztę Gdańską. O losie uwięzionych decydował tzw. Volksgericht, czyli sąd ludowy, złożony z kilkunastu volksdeutschów.

Doszło do pierwszych morderstw. 13 września, w położonym 7 km na północny wschód od Stargardu Lesie Szpęgawskim, Selbstschutz rozstrzelał dziesięciu młodych Polaków, których aresztowano podczas obławy. Za wyborem tego miejsca przemawiało odludne położenie i dogodny dojazd ze Starogardu oraz pobliskiego Tczewa. Powyrębowe enklawy z łatwym do kopania piaszczystym gruntem stanowiły idealne miejsce na masowe groby.

22 września 1939 r. do Lasu Szpęgawskiego przywieziono 88 pacjentów szpitala psychiatrycznego w Kocborowie, a następnie zabito strzałami w tył głowy. Niektórych ciężko chorych usypiano jeszcze w samochodach zastrzykami z morfiny, a następnie zrzucano do wykopanych wcześniej dołów.

Była to pierwsza w tym miejscu egzekucja w ramach akcji T4, której celem była eksterminacja osób niepełnosprawnych i psychicznie chorych. Do końca stycznia 1940 r. w kilkunastu zbiorowych egzekucjach zamordowano tam blisko 1700 pacjentów szpitali psychiatrycznych z całej Polski. Wśród ofiar znajdowali się również pacjenci z innych krajów oraz personel szpitala.

Las Szpęgawski był również miejscem straceń przedstawicieli polskiej inteligencji - urzędników, intelektualistów, prawników, nauczycieli i duchownych oraz działaczy społecznych i politycznych z całego Pomorza. Skazanych na śmierć wywożono na miejsce egzekucji samochodami ciężarowymi lub autobusami. Ustawionych nad dołem lub leżących w grobie mordowano strzałem w tył głowy. Innych zabijano z broni maszynowej, dobijając kolbami karabinów, lub grzebano żywcem.

W drugiej połowie 1944 r., w związku ze zbliżaniem się Armii Czerwonej, Niemcy przystąpili do zacierania śladów zbrodni. Specjalne komando z rozkopanych grobów wydobywało zwłoki pomordowanych i paliło je na stosach. Spalone szczątki ponownie wrzucano do grobów, obsypywano wapnem i zakrywano ziemią, na której zasadzono drzewa.

Po wojnie w latach 1945-1947 na miejscu zbrodni przeprowadzono szereg ekshumacji. Odkryto 32 masowe mogiły różnej wielkości. Odnalezione szczątki pomordowanych pochowano na cmentarzu parafialnym w Starogardzie.

Ocenia się, że między wrześniem 1939 r. a styczniem 1940 r. na terenie Lasu Szpęgawskiego zamordowano od 5 do 7 tys. osób – przede wszystkim przedstawicieli polskiej inteligencji z Pomorza Gdańskiego oraz pacjentów szpitali psychiatrycznych.