Stefan Frelichowski przyszedł na świat 22 stycznia 1913 r. w Chełmży na Kujawach w wielodzietnej, pobożnej rodzinie. Po ukończeniu szkoły powszechnej w 1923 r. wstąpił do męskiego Gimnazjum Humanistycznego w Chełmży. W czasach szkolnych związał się z Sodalicją Mariańską oraz z harcerstwem, której to pasji pozostał wierny do końca życia. Był zastępowym, a potem drużynowym w II Drużynie Harcerskiej ZHP im. Zawiszy Czarnego w Chełmży.

W 1931 r. zdał maturę i wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego w Pelplinie. Związał się z kilkoma bractwami i stowarzyszeniami, działającymi w seminarium. Działał w ruchu abstynenckim, w akcji misyjnej i charytatywnej na terenie diecezjalnego Caritas.

Był członkiem i przez pewien czas przewodniczącym kręgu kleryckiego działającego w ramach Starszoharcerskiego Zrzeszenia Kleryków ZHP. Sprawował opiekę nad drużynami harcerskimi działającymi w Pelplinie. W 1934 r. zdobył stopień podharcmistrza.

Po przyjęciu święceń kapłańskich w 1937 r. pełnił obowiązki sekretarza i kapelana biskupiego, a od lipca 1938 r. wikariusza parafii pw. Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny w Toruniu. Był opiekunem młodzieży i chorych, przygotowywał dzieci do przyjęcia Pierwszej Komunii Świętej. Opiekował się również wspólnotami misyjnymi. Jednocześnie pełnił funkcję kapelana Pomorskiej Chorągwi Harcerzy ZHP oraz działał w Kierownictwie Wydziału Starszoharcerskiego chorągwi.

Wkrótce po wkroczeniu Niemców do Torunia 11 września 1939 r. został aresztowany przez gestapo wraz z wszystkimi księżmi ze swojej parafii. Uważano go za szczególnie „podejrzanego” ze względu na działalność w harcerstwie i wielki wpływ na młodzież. Po kilku dniach został wypuszczony. Mimo ostrzeżeń nie opuścił Torunia.

Po drugim aresztowaniu w połowie października trafił do więzienia w Forcie VII, a w styczniu 1940 r. wraz z grupą ponad 200 więźniów został przewieziony do obozu przejściowego w Gdańsku-Nowym Porcie, gdzie pracował m.in. przy uprzątaniu zniszczeń wojennych na Westerplatte.

Jeszcze w styczniu 1940 r. został przeniesiony do obozu Stutthof a trzy miesiące później do Sachsenhausen. W połowie grudnia 1940 r. wszystkich księży wywieziono do obozu w Dachau. W każdym z tych miejsc pełnił nadal posługę kapłańską. Organizował wspólne modlitwy, spowiadał, sprawował potajemnie msze i rozdzielał komunię.

Gdy w latach 1944-45 wybuchła w obozie epidemia tyfusu, zaangażował się w pomoc chorym. Udało mu się także zachęcić do tego kilkudziesięciu innych kapłanów. Wkrótce sam zachorował na tyfus i dodatkowo na zapalenie płuc. Zmarł 23 lutego 1945 r., dwa miesiące przed wyzwoleniem obozu.

Kult kapłana rozpoczął się spontanicznie w samym obozie. Władze obozowe, łamiąc obowiązującą praktykę, zgodziły się przed kremacją na wystawienie zwłok ks. Frelichowskiego na widok publiczny. Zanim spalono ciało, więźniowie zdjęli z twarzy pośmiertną maskę oraz zabrali potajemnie relikwie.

Przygotowania do procesu beatyfikacyjnego kapłana rozpoczęły się zaraz po zakończeniu wojny. 7 czerwca 1999 r. podczas nabożeństwa odprawionego na toruńskim lotnisku papież Jan Paweł II ogłosił ks. Frelichowskiego błogosławionym.

W 2002 r. Kongregacja ds. Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów wydała dekret ustanawiający „błogosławionego Stefana Wincentego Frelichowskiego, prezbitera i męczennika, na patrona polskich harcerzy przed Bogiem”.