Według racjonalistów „biblijny opis stworzenia i początków ludzkości jest niezgodny z nauką”, bo Biblia nie opisuje ewolucji i ma z niej wynikać, że świat liczy niecałe 6 tysięcy lat. W rzeczywistości w Księdze Rodzaju, w której znajduje się biblijny opis stworzenia świata „nie określono, jak długo trwały wydarzenia związane z powstaniem świata, a ich […] kolejność w zasadzie jest zgodna” teoriami naukowców. Choć Biblia mówi o kolejnych dniach stworzenia to hebrajskie słowo ''jom'' (dzień) „za pomocą którego wyodrębniono 6 etapów stworzenia, może w tym poemacie [Księdze Rodzaju] oznaczać dowolnie długie okresy” liczące np. miliard lat.


Należy też pamiętać, że etapy, w jakich Bóg stwarzał świat przedstawione na kartach Biblii, nie są etapami „bezwzględnie następującymi po sobie” (jak wiadomo, rośliny nie mogły powstać przed stworzeniem słońca, bo do rozwoju potrzebują światła słonecznego).


Biblijny opis stworzenia powstał nie w celu bycia podręcznikiem nauk ścisłych, ale w celu przekazania nauk moralnych. Biblijnego opisu stworzenia nie należy więc rozumieć dosłownie. Metafory literackie były wielokrotnie używane przez autorów Starego i Nowego Testamentu, np. w Księdze Wyjścia pada stwierdzenie, że Bóg niósł Izraelitów na skrzydłach orlich, choć wcześniej opisane jest to, że szli oni na piechotę.


Biblii nie należy odczytywać dosłownie (jak postulują to niektórzy protestanci) tylko przez pryzmat wiedzy biblistycznej, bez której można fałszywie odczytać Pismo Święte. Bibliści uważają np., że rodowody zapisane w Biblii mogą uwzględniać tylko wyjątkowe postacie, a nie wszystkich ojców i synów, bo hebrajskie słowo ''jad' (zrodził) może oznaczać też to, że wymieniona osoba zapoczątkowała linię rodową, której potomkiem po wielu pokoleniach jest wymieniona w tekście kolejna osoba, która została zrodzona.

Warto też pamiętać o tym, że narzędzia nauk ścisłych nie zawsze są wiarygodne. Metody datowania (w tym i ta najsławniejsza izotopem węgla) dają wyniki niedorzeczne i fałszywe. Podobnie teoria ewolucji jest tylko teorią, którą wielu naukowców uważa za nieprawdziwą. Gdy nie ma mamy dowodów z nauk ścisłych na to, że Bóg istnieje lub nie istnieje, to według naukowców mamy dowody z nauk ścisłych, że teoria ewolucji jest nieprawdziwa, i nie wiemy na gruncie naukowym, jak powstało życie.


Racjonaliści twierdzą, że nie było potopu. W rzeczywistości nauka pokazuje, że np. kiedy cofały się masy lodowców (które były obecne nawet na ziemiach dzisiejszej Polski) mogły się lokalnie podnieść poziomy akwenów do tego stopnia, że duże obszary zostały zalane.


Ważne jest to, że przekonanie o tym, że potop dotknął całą planetę Ziemie, nie wynika z tekstu Biblii – potop mógł wystąpić na dużo mniejszym obszarze niż cała powierzchnia naszej planety. Biblijne określenie ''cała ziemia'' nie oznacza powierzchni całej naszej planety. Na kartach Starego i Nowego Testamentu określenie ''cała ziemia'' było używane wielokrotnie i określało określony obszar np. zdobyty przez jakiegoś władcę (z tekstu Pisma Świętego wiemy też, że innych obszarów ten władca nie zdobył).


Do czytania Biblii warto mieć odpowiednią wiedzę, bez niej można tekst Pisma Świętego odczytać opacznie, sprzecznie z tym, co jest zawarte na kartach Biblii. Niezwykle często ateiści takiej wiedzy nie mają. Wiedzę taką przez dwa tysiące lat wypracował Kościół katolicki i dzieli się nią z wszystkimi (wiernymi, innowiercami i ateistami). Z tej wiedzy wynika, że wbrew twierdzeniom racjonalistów w Biblii nie ma sprzeczności – rzekomo sprzeczne biblijne opisy nie są sprzeczne, bo się nie wykluczają, tylko wzajemnie się uzupełniają.


Biblie trzeba odczytywać zgodnie z jej kontekstem - „wszystkie herezje, sekciarskie ruchy i inne błędy powstały, właśnie na skutek odczytywania pisma bez kontekstu, wbrew niemu”. Nie wolno ulegać subiektywnemu odczytywaniu Biblii, tylko przez pryzmat własnej siatki pojęciowej, która jest inna od siatki pojęciowej autorów Biblii.


Teksty biblijne są wieloznaczne, nie wolno ich wyinterpretowywać. Cechą sekt było i jest subiektywne odczytywanie Biblii i jej nadinterpretacja. Ateiści podobnie jak sekciarze wyrywają biblijne zdania z kontekstu.


W tłumaczeniach Biblii trudno ukazać jak wymagającym tekstem jest Pismo Święte. Tłumaczenia Starego i Nowego Testamentu służą upowszechnianiu treści biblijnych i przez to nie mogą być bardzo skomplikowane (takie naukowe tłumaczenia Biblii, ukazujące alternatywne możliwości tłumaczeń tekstu, są, ale są zbyt trudne do lektury dla osób bez odpowiedniego wykształcenia).


Ateiści, krytykując Biblie często, nie rozumieją jej poetyki – np. sformułowanie o tym by nad gniewem nie zachodziło słońce, odczytują jako wezwanie do nienawiści, gdy oznaczało ono, że trzeba wyzbyć się gniewu do zachodu słońca.


Jan Bodakowski