Ks. Isakowicz-Zaleski powiedział: "Kościół musi być jak akwarium – przeźroczysty. Każdy musi móc zobaczyć co tam w środku jest".

Dodał też: "Czas, aby ludzie świeccy zostali zaangażowani do współpracy i pomocy, fachowcy, eksperci. Przed laty trzy osoby napisały do mnie z pani archidiecezji, wrocławskiej, o tym, że były molestowane i ich historie najpierw krył kard. Gulbinowicz, potem abp Gołębiewski dopiero jak przyszedł obecny metropolita to nadał sprawie właściwy bieg".

Ksiądz stanął też w obronie Jan Pawła II: "System jest zepsuty. I znów wrócę do niechlubnego przykładu Poznania, molestowanych kleryków i abp Paetza. Byłem w Rzymie w 2002 r., gdy sprawa Paetza była na ustach wszystkich, tych z Polski i tych z innych krajów. Ta sprawa pokazała, że system jest zepsuty i niewydolny. Wszyscy wiedzieli, ale potrzeba było pani Półtawskiej, świeckiej osoby, która przebiła się do Watykanu i powiedziała swojemu przyjacielowi o tym, co się dzieje w Polsce. Zresztą, o tym później pani Półtawska mówiła, list księży poznańskich musiała przemycić do Ojca Świętego, to nie była prosta sprawa. To pokazuje do jakiego stopnia okłamywano Jana Pawła II. Dlatego nie zgadzam się z tymi, którzy mówią, że to rzuca cień na osobę świętego Papieża. W żadnym wypadku nie rzuca, to pokazuje, że w otoczeniu papieża, niektórzy, bo nie wszyscy, zachowywali się w sposób skandaliczny".