Siłą Radia Maryja była zawsze niezależność tego medium - niezależność od polityków i wszelkiego rodzaju wpływów.
To sprawiało, że Radio Maryja było zawsze solą w oczu lewaków i liberałów, którzy przejęli wszystkie znaczące media w Polsce. Udało się ją wybronić pomimo nacisków na biskupów, żeby coś zrobić z tym medium. Było to możliwe dzięki oparciu na słuchaczach i ich ofiarach.
O. Rydzyk był zawsze tak przeczulony na punkcie niezależności, że nie chciał przyjmować datków, jeśli był stawiany warunek, że oficjalnie pokwituje odbiór i podziękuje za darowiznę. Nie chciał bowiem nawet stwarzać wrażenia, że ma u kogoś długi i wynikające stąd zobowiązania.
W wywiadach Ojciec Dyrektor wspominał o tym, że całkowicie zawierzył Opatrzności i obserwuje ze zdumieniem, jak nagle wpływają na konto pieniądze, często w ostatniej chwili, potrzebne na opłacenie koncesji czy miejsca na satelicie. Wierzył, że jest to bezpośrednie działanie Maryi, która chroni swoje dzieło.
W pewnym momencie coś się jednak zmieniło. Możliwe, że skala działania sprawiała, że ofiary wiernych zaczęły być niewystarczające. O. Rydzyk zaczął szukać innych źródeł finansowania - zaczął myśleć o geotermii, założył telefonię komórkową "W mojej rodzinie" i podejmował inne aktywności pomyślane, jako sposób pozyskania stałego źródła dochodów.
Następnie odszedł od swojej zasady i związał się z politykami PiS-u, których wspierał, kiedy byli w opozycji. W momencie gdy PiS w 2005 r. wygrał wybory, o. Rydzyk otrzymał dofinansowanie na geotermię cofnięte, wbrew prawu, za rządów PO.
Teraz kiedy PiS powrócił o. Rydzyk otrzymał to dofinansowanie wraz z odsetkami, jak również wiele innych form wsparcia, jak reklamy z państwowych firm w Naszym Dzienniku, dofinansowania konferencji naukowych, zamówienia szkoleń w Wyższej Szkole Kultury Społecznej i Medialnej.
Politycy PO twierdzą, że w sumie o. Rydzyk w ten lub inny sposób uzyskał 160 milionów złotych. Oczywiście jest w tym duże nadużycie, bo nie on otrzymał, tylko np. szkoła wyższa, którą założył. Dlaczego rzekomo szkoła ta nie mogłaby starać się o dofinansowania konferencji, skoro robią to inne akademickie ośrodki? Dlaczego telewizja TRWAM nie może emitować państwowych reklam, skoro robił to TVN za rządów PO?
Pewien problem jednak istnieje. O. Rydzyk związał się z partią, która traktuje nie tylko Radio Maryja, ale cały Kościół, instrumentalnie. O. Rydzyk zdaje sobie z tego sprawę, krytykując podejście PiS-u do ustawy antyaborcyjnej, Jednocześnie Ojciec Dyrektor otrzymując dotacje od rządu, chcąc nie chcąc, związał się z nim ściśle i jego niezależność została bardzo mocno ograniczona.
W ten sposób Radio Maryja straciła to, co miała najcenniejszego. Za sojusz z władzą zapłaciła wysoką cenę - można zauważyć, że na antenie Radia Maryja i w Naszym Dzienniku wyciszono głosy antypisowskie, a nawet usunięto tych, którzy nie mieli po drodze z tą władzą.
W perspektywie krótkoterminowej o. Rydzyk i Radio Maryja zyskuje, ale w dalszej może mieć to dla niego negatywne konsekwencje.