Feliks Koneczny urodził się 1 listopada 1862 r. w Krakowie w rodzinie urzędnika kolejowego. Po ukończeniu Gimnazjum św. Jacka w Krakowie w 1883 r. rozpoczął studia historyczne na Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Jagiellońskiego, uzyskując tytuł doktora.

W latach 1889-90 wziął udział w tzw. ekspedycji rzymskiej prowadzącej prace badawcze w archiwach watykańskich. Po powrocie do kraju pracował w Akademii Umiejętności, a od 1900 r. kierował działem rękopisów Biblioteki Jagiellońskiej. Jednocześnie działał m.in. w Klubie Słowiańskim, Towarzystwie Szkoły Ludowej i Uniwersytecie Ludowym.

W tym czasie publikował liczne artykuły w czasopismach: „Czas”, „Przegląd Polski”, „Przegląd Powszechny”. W późniejszym okresie pracował również w redakcji katolickiego dziennika „Głos Narodu”, pełniąc przez rok funkcję zastępcy redaktora naczelnego. Stworzył też oryginalny, wielokrotnie wznawiany podręcznik „Dzieje Polski” planując jego rozszerzenie - w efekcie pojawiły się dwa tomy: „Dzieje Polski za Piastów” i „Dzieje Polski za Jagiellonów”.

W pracach historycznych zajmował się głównie historią Europy Środkowej i Wschodniej w okresie średniowiecza i wczesnej nowożytności. W swoich dziełach podkreślał pozytywny wpływ Kościoła katolickiego na rozwój społeczeństwa oraz dominującą rolę idei w historii, ukazywał także wpływ wybitnych jednostek na nasze dzieje.

Interesował się również bardzo historią Śląska, czego wyrazem była praca „Dzieje Śląska” z 1897 r. Sprawa polska na tamtych terenach była również tematem wielu jego broszur i artykułów. Nawiązał i utrzymywał bliskie kontakty z polskimi działaczami narodowymi na Śląsku - posłem Adamem Napieralskim, ks. Józefem Londzinem czy Wojciechem Korfantym.

Od 1919 r. pracował na Uniwersytecie Stefana Batorego w Wilnie jako zastępca profesora, gdzie habilitował się w 1920 r. na podstawie wydanej dwa lata wcześniej pracy „Dzieje Rosji do roku 1449”. W 1922 r. uzyskał tytuł profesora.

W latach 1922-29 kierował katedrą historii Europy Wschodniej. Brał aktywny udział w wileńskim życiu naukowym poprzez uczestnictwo w pracach Polskiego Towarzystwa Historycznego oraz Towarzystwa Przyjaciół Nauk.

W październiku 1929 r. zmuszony do udania się na przedwczesną emeryturę z powodu swego krytycznego nastawienia do władz sanacyjnych, powrócił do Krakowa, prowadząc odtąd życie prywatnego naukowca i publicysty. Podejmował także wątki polityczne na łamach "Myśli Narodowej" oraz uczestniczył w organizowanych przez Uniwersytet Lubelski sesjach naukowych, m.in. jako wykładowca w uniwersyteckich wykładach dla duchowieństwa.

W latach 30. skoncentrował się na rozwijaniu nauki o cywilizacjach i prawach dziejowych. Stworzył własną koncepcji cywilizacji, a także teorię odnośnie do jej podziału. Jego zdaniem w dziejach ludzkości istniało kilkadziesiąt różnych cywilizacji, przy czym obecnie funkcjonuje ich siedem, w tym arabska, chińska, łacińska oraz żydowska. Poszczególne cywilizacje odróżniały m.in. różne modele prawa oraz podejście do wartości niematerialnych jak np. zdrowie, prawda czy piękno.

W tym okresie powstały dwie wielkie publikacje: „O wielości cywilizacji” stanowiąca podsumowanie historiozoficznych badań autora oraz quasi-hagiograficzna praca "Święci w dziejach narodu polskiego".

W 1942 r. władze niemieckie zarekwirowały część domu uczonego w Krakowie. Jego młodszego syna Stanisława aresztowano w 1943 r. i stracono rok później. Starszy syn Czesław zginął podczas powstania warszawskiego. Mimo tych tragedii Koneczny kontynuował swój czynny udział w naukowym i politycznym życiu polskiego podziemia.

W dalszym ciągu tworzył ważne dzieła, do których zaliczyć należy m.in. syntezy: „Cywilizacja bizantyńska” i „Cywilizacja żydowska”, wydane w Londynie w latach 70. i 80. z inicjatywy Jędrzeja Giertycha, staraniem Towarzystwa im. Romana Dmowskiego.

Po wojnie został zatrudniony na Uniwersytecie Jagiellońskim, lecz nie mógł prowadzić działalności dydaktycznej. W dalszym ciągu publikował w cieszących się jeszcze pewną niezależnością pismach katolickich: „Tygodniku Warszawskim” i częstochowskiej „Niedzieli”.

Ciężko chory, zmarł 10 lutego 1949 r. w Krakowie. Spoczął w grobowcu rodzinnym na Cmentarzu Salwatorskim.