W czasie II wojny światowej majątek Glinciszki znajdował się pod administracją niemiecką w ramach Zarządu Gospodarstw Rolnych Ostland. Administratorem był Polak, Władysław Komar, żołnierz AK, ojciec znanego sportowca o tym samym imieniu i nazwisku.

Nad ranem 20 czerwca patrol z 5 Wileńskiej Brygady AK majora Zygmunta Szendzielarza „Łupaszki” urządził koło Glinciszek zasadzkę, w którą wpadł litewski patrol policyjny, tracąc czterech zabitych. Kilka godzin później z pobliskiego Podbrzezia przybył oddział litewski i dokonał krwawego odwetu, zabijając 10 Polaków za 1 Litwina.

Zamordowano 38 osób, oprócz miejscowych kilka przypadkowych nieznanych z nazwiska osób. Znaczną część ofiar stanowiły kobiety i dzieci, gdyż większość mężczyzn była w tym czasie w pracy.

Na wieść o zbrodni, kilka godzin później wraz z niemieckimi reprezentantami zarządu majątku do wsi przybył Komar, zapobiegając tym samym jej eskalacji. Zginął jeszcze tego samego dnia, zamordowany przez Litwinów w drodze powrotnej do Wilna. Mimo obecności niemieckiego kapitana wyciągnięto go z samochodu w okolicach Podbrzezia, biorąc podobno za Aleksandra Krzyżanowskiego ps. „Wilk”, komendanta wileńskiego AK.

26 czerwca 1944 r. miała miejsce ekshumacja ofiar zbrodni. Po zidentyfikowaniu 35 osób ich ciała złożono na cmentarzu w Glinciszkach nieopodal drogi do Podbrzezia. Władysław Komar został pochowany na wileńskim Cmentarzu na Rossie.

W odwecie za śmierć mieszkańców Glinciszek, 23 czerwca 1944 r., 5 Wileńska Brygada AK dokonała pacyfikacji zamieszkanej wówczas głównie przez Litwinów wsi Dubinki.