Organizacje te organizują protesty oraz piszą skargi do Komisji Europejskiej. Jedną z najaktywniejszych organizacji próbujących utrudniać przekop – jak podaje portal wpolityce.pl – jest Eko-Unia. Aktywiści tej organizacji w lutym br. domagali się od Komisji Europejskiej „wstrzymania bezprawnych działań inwestycyjnych w obszarach Natura 2000, bowiem rząd obecny już wielokrotnie dawał dowody na lekceważenie i łamanie prawa krajowego i UE, jak choćby w zawstydzającym nad wypadku wycinki lasu w Puszczy Białowieskiej, wyjątkowym w skali świata prastarym lesie.”

Warto przy tej okazji wspomnieć, że w przypadku Puszczy Białowieskiej bardzo aktywy był Greenpeace, którego zarząd w Polsce stanowią sami obywatele niemieccy.

Z raportu za rok 2017 wynika, że Eko-Unia najwięcej środków otrzymuje z niemieckiego Federalnego Ministerstwa Współpracy Gospodarczej i Rozwoju (BMZ) oraz Ministerstwa Edukacji i Badań Naukowych Niemiec (BMBF). Oba te ministerstwa zasiliły kasę fundacji niebagatelną kwotą kilkudziesiąt milionów euro.