Ulica Rakowiecka, przy której był usytuowany klasztor, stanowiła jeden z najważniejszych ośrodków niemieckiego oporu na Mokotowie. W pobliżu znajdowały się koszary SS oraz baterie artylerii przeciwlotniczej. Ponadto siły okupanta zajmowały gmach SGGW, szkołę Wawelberga oraz Fort Mokotów.

1 sierpnia 1944 r. żołnierze AK podjęli atak na niemieckie pozycje na całej długości ulicy. Klasztor nie został objęty walkami, ale w budynku schroniło się kilkunastu cywilów. W sumie przebywało tam około 50 osób - 25 zakonników, 12 świeckich mieszkańców oraz kilkanaście przypadkowych osób.

Następnego dnia rano rozpoczął się ostrzał klasztoru z niemieckich przez działka przeciwlotnicze z Pola Mokotowskiego. Od wybuchów została zniszczona domowa kaplica, a chwilę później pomieszczenia administracji wydawnictw, gdzie esesmani wrzucili granaty.

Około godz. 10.00 20-osobowy oddział SS wdarł się do klasztoru. Napastnicy oskarżyli przebywające w budynku osoby o ostrzeliwanie niemieckich żołnierzy, po czym przystąpili do rewizji w poszukiwaniu broni.

Po bezskutecznych poszukiwaniach Niemcy wyprowadzili z budynku ks. Edwarda Kosibowicza, przełożonego i dyrektora Wydawnictwa Księży Jezuitów w Warszawie, w celu złożenia dodatkowych wyjaśnień w dowództwie. W rzeczywistości kilkanaście minut później kapłan został zamordowany strzałem w tył głowy na skraju ogródków na Polu Mokotowskim.

W tym samym czasie pozostałe osoby zgromadzono w jednym z pomieszczeń znajdujących się w podziemiach klasztoru. Do zebranej tu sporej grupy Polaków Niemcy otworzyli ogień z broni maszynowej i obrzucili ich granatami. Rannych dobijano strzałami.

Po odejściu oprawców spod sterty ciał wydostało się czternaście osób, w tym ośmiu jezuitów, którym udało się uciec. Niedługo później wrócili Niemcy i za pomocą benzyny podpalili stos kilkudziesięciu ciał. Wraz z martwymi spłonęli żywcem wciąż znajdujący się na miejscu zbrodni ciężko ranni. Po dokonaniu zbrodni napastnicy splądrowali i zdewastowali klasztor, podkładając ogień w wielu punktach budynku.

Tego dnia na terenie klasztoru Niemcy zamordowali łącznie ok. 40 Polaków, w tym ponad 20 osób świeckich, a wśród nich co najmniej 8 kobiet i 10-letniego chłopca. Zidentyfikowano 32 ofiary. Jedną z nich był o. Władysław Wiącek, który jest jednym z kandydatów na ołtarze w drugim procesie beatyfikacyjnym męczenników II wojny światowej. Po wojnie szczątki ofiar masakry złożono w czterech trumnach, po czym zakopano je pod posadzką pokoju, w którym dokonano masakry, a samo pomieszczenie zamieniono w kaplicę.

Na podstawie relacji ocalałych opracowana została książka pod redakcją jezuity ks. Felicjana Paluszkiewicza „Masakra w klasztorze”. Stała się ona podstawą dla scenariusza filmu dokumentalnego z 2004 r. o tym samym tytule, wyreżyserowanego przez Krzysztofa Żurowskiego.