Przeciwnicy homeopatii podnoszą argument, że choć bazuje ona na naturalnych substancjach, to nie ma ona żadnych naukowych podstaw. Środki homeopatyczne wytwarza się bowiem, wielokrotnie rozrzedzając te substancji w wodzie, co powoduje, że w ostatecznym składzie produktu stanowią one promil.

Zwolennicy podkreślają z kolei, że te środki przynajmniej nie szkodzą, a każdy ma prawo do wyboru terapii, którą uważa za odpowiednią.

I jedna, i druga strona mówi o działaniach lobby i wielkiego biznesu. Przeciwnicy twierdzą, że producenci homeopatii za swoje preparaty złożone w 99% z wody, żądają dużych pieniędzy i wpłynęli na decyzję Unii. Zwolennicy natomiast mówią, że to koncerny farmaceutyczne walczą z homeopatią, jako ze swoją konkurencją.

Minister zdrowia Hiszpanii podnosi jako argument przeciwko brak naukowych podstaw homeopatii i wypieranie przez nią leków. Już teraz w Hiszpanii na skutek działań rządu homeopatia jest dużo trudniej dostępna. Prawdopodobieństwo, że coś zmieni się w Unii jest jednak niewielkie. Decyzje już zapadły w 2001 r.