Leon Nowakowski urodził się 28 czerwca 1913 r. w Bytoniu na Kujawach. Uczył się w szkole powszechnej w Morzycach, a następnie w Gimnazjum Męskim im. Jana Długosza we Włocławku. Po maturze zdawał na wydział matematyczno-przyrodniczy Uniwersytetu Warszawskiego, jednak nie został przyjęty.

W 1932 r. wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego we Włocławku. W czasie studiów był prezesem Bractwa III Zakonu św. Franciszka. Po przyjęciu święceń kapłańskich w 1937 r. został skierowany na dalsze studia na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, a następnie na Papieskim Uniwersytecie Gregoriańskim w Rzymie.

Po otrzymaniu licencjatu z teologii, w lipcu 1939 r. powrócił do Polski na Kujawy do rodzinnej parafii. Tam też zastał go wybuch wojny.

Wkrótce rozpoczęły się represje wymierzone w polską inteligencję, w tym duchowieństwo. Na początku października 1939 r., gdy Niemcy aresztowali proboszcza bytońskiej parafii, jego obowiązki przejął ks. Nowakowski.

Jeszcze w tym samym miesiącu został sam aresztowany przez gestapo w drodze na nabożeństwo różańcowe. Po przewiezieniu do Piotrkowa Kujawskiego był przetrzymywany wraz z innymi duchownym w miejscowym domu parafialnym.

W nocy z 31 października na 1 listopada Niemcy wyprowadzili więzionych księży, w tym także ks. Nowakowskiego, i rozstrzelali w pobliskim parku. Ciała pomordowanych zostały wywiezione za miasto i pogrzebane w zbiorowej mogile.

Po wojnie, w kwietniu 1945 r., dokonano ekshumacji. Po uroczystym pogrzebie szczątki kapłanów spoczęły na cmentarzu parafialnym w Piotrkowie Kujawskim.

W 1999 r. papież Jan Paweł II beatyfikował ks. Leona Nowakowskiego w grupie 108 męczenników II wojny światowej. Dziś mija 80. rocznica śmierci męczennika.