Serwis Wp twierdzi, że dotarł do zeznań informatyka, który pracował przy aplikacji. Uważa on, że jest ona niebezpieczna, bo niewiadomo, co dzieje się z danymi, które do niej trafiają. W dodatku miała być robiona na kolanie i istnieją poważne wątpliwości, czy są ludzie zdolni analizować wszystkie dane, które się w niej znajdą.

Pojawiają się też głosy, że choć aplikacja jest dobrowolna, każdy kto jej niezainstaluje, będzie np. w galerii handlowej klientem drugiej kategorii.

Rząd odpiera zarzuty. Na rządowym portalu czytamy:

Fakty są takie:

• Niezależnie od tego, czy zainstalujesz aplikację ProteGO Safe czy nie, wejdziesz do sklepu i zrobisz zakupy tak jak wszyscy inni.
• Nie musisz wybierać pomiędzy staniem w kolejce, a „inwigilacją”. Aplikacja nie zbiera Twoich danych, nie śledzi, korzystanie z niej jest dobrowolne, a prace nad nią w pełni transparentne - właśnie po to, by każdy się przekonał, że nie mamy ukrytych intencji. Zachęcamy redakcję portalu Niebezpiecznik.pl do audytu naszych działań. Jesteśmy otwarci na współpracę, czekamy na kontakt (protego@mc.gov.pl).
• Nie będziemy dzielić klientów na lepszych i gorszych, czyli tych z i bez aplikacji. Kontrolowanie przez właścicieli sklep statusu aplikacji, lub wymaganie jej instalacji i aktywacji są zabronione.
• Korzystanie bądź niekorzystanie z aplikacji nie może wpływać na jakość lub kolejność obsługi klientów.
• Będziemy za to zachęcać możliwe największą liczbę osób, by korzystali z ProteGO Safe – to dla naszego wspólnego bezpieczeństwa i zdrowia.