W pierwszych miesiącach niemieckiej okupacji Pomorze było tym regionem Polski, w którym nazistowski terror przybrał najbardziej brutalną formę. Represje, przybierające początkowo postać pojedynczych aresztowań i egzekucji, w krótkim czasie przekształciły się w zorganizowaną akcję eksterminacyjną. Jej celem była likwidacja polskiej inteligencji na Pomorzu w ramach szerszego zbrodniczego planu, tzw. Intelligenzaktion.

Od końca września 1939 r. w Bydgoszczy miała miejsce seria niemieckich „akcji oczyszczających” wymierzonych w konkretne grupy zawodowe, środowiska społeczne oraz członków organizacji i stowarzyszeń krzewiących polskość. Większość zatrzymanych w trakcie owych obław trafiła do bydgoskiego obozu dla internowanych, gdzie o dalszym losie aresztowanych decydowała urzędująca w obozie specjalna komisja.

Jesienią 1939 r., z powodu przepełnienia ciałami masowych grobów, Niemcy rozpoczęli poszukiwania nowego miejsca na przeprowadzanie zbiorowych egzekucji. Wybór padł na dolinę znajdującą się w odległości około 12 kilometrów na północny wschód od Bydgoszczy, położoną w pobliżu Fordonu – obecnie dzielnicy Bydgoszczy, w czasie wojny samodzielnego miasta.

Miejsce to wybrano przede wszystkim ze względu na jego oddalenie od siedzib ludzkich oraz ukształtowanie terenu, które utrudniało obserwowanie egzekucji. Na początku października 1939 r. Niemcy wykopali tam kilka długich rowów o szerokości 3 metrów i głębokości 2,5 metra.

Pierwszą egzekucję przeprowadzono tu 10 października, kolejne odbywały się aż do 26 listopada 1939 r. Przyszłe ofiary przywożono na miejsce straceń ciężarówkami – najczęściej z miejsc internowania. Następnie więźniowie musieli przejść z rękami założonymi na karku przez szpaler obstawy i plutonu egzekucyjnego.

Skazańców pozbawiano wierzchniej odzieży, kosztowności i innych przedmiotów osobistych. Prowadzono ich następnie nad wykopane uprzednio groby i tam mordowano strzałami w tył głowy. Rannych dobijano strzałami z pistoletów, kolbami karabinów, a czasem po prostu zasypywano żywcem.

W skład plutonów egzekucyjnych wchodzili przede wszystkim członkowie Selbstschutzu z Bydgoszczy i Fordonu oraz SS-mani z bydgoskiego Einsatzkommando 16. Całością akcji dowodził dowódca pomorskiego Selbstschutzu, Ludolf von Alvensleben.

Ustalenie dokładnej liczby pomordowanych okazało się niemożliwe przede wszystkim ze względu na brak udokumentowanych źródeł zbrodni. Według różnych szacunków liczba ofiar zbrodni fordońskiej wynosi od 1200 do 3000. Tuż po wojnie zwłoki ekshumowano, a następnie uroczyście pochowano na Cmentarzu Bohaterów Bydgoszczy na Wzgórzu Wolności.

Większość sprawców zbrodni uniknęła odpowiedzialności karnej. Przed polskimi sądami stanęło jedynie kilku zbrodniarzy. Ludolf von Alvensleben nadzorujący zbrodniczą akcję, po zakończeniu wojny zbiegł do Argentyny, gdzie zmarł w 1970 r.

Od 1947 r. „Dolina Śmierci” jest miejscem odbywania nabożeństw Drogi Krzyżowej ku czci pomordowanych. Po wizycie papieża Jana Pawła II w Bydgoszczy w 1999 r. i jego apelu o „upamiętnienie męczenników naszych czasów” powstał pomysł budowy stacji „Drogi Krzyżowej – Golgoty XX wieku”. Pierwszą stację poświęcono w 2004 r., ostatnia została ukończona w 2009 r.

W październiku 2008 r. dokonano podniesienia pobliskiego kościoła wraz z drogą krzyżową do godności Sanktuarium Królowej Męczenników, Kalwarii Bydgoskiej – Golgoty XX wieku.