Jerzy Kirchmayer urodził się 29 sierpnia 1895 r. w Krakowie. Pierwsze nauki pobierał we Lwowie, później kształcił się w gimnazjum jezuickim w Chyrowie, gdzie 1914 r. uzyskał świadectwo dojrzałości. Jako obywatel austriacki został po wybuchu I wojny światowej aresztowany przez władze rosyjskie i wywieziony w głąb Rosji.

W 1918 r. wstąpił do III Korpusu Polskiego na Wschodzie. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości zasilił szeregi polskich sił zbrojnych. W czasie wojny polsko-bolszewickiej służył w 7. Pułku Artylerii Polowej. Po wojnie pozostał w wojsku.

W 1921 r. ukończył Szkołę Podchorążych Artylerii w Poznaniu, później służył w pułkach artylerii w Grudziądzu i Wilnie. W latach 1924-1926 pracował w Biurze Artylerii Francuskiej Misji Wojskowej w Warszawie.

Od 1930 r. studiował w Wyższej Szkole Wojennej w Warszawie. W 1932 r., po ukończeniu kursu i otrzymaniu dyplomu naukowego oficera dyplomowanego, został przydzielony do Dowództwa 13 Dywizji Piechoty w Równem, a następnie w Sztabie Inspektoratu Armii w Toruniu.

Podczas kampanii wrześniowej był zastępcą szefa Oddziału Operacyjnego Sztabu Armii „Pomorze”. W czasie walk w Puszczy Kampinoskiej został ciężko ranny.

Po wyleczeniu rozpoczął działalność konspiracyjną w szeregach ZWZ-AK. Od kwietnia 1940 r. był szefem Sztabu Okręgu Warszawa-Województwo. Po klęsce Francji przeszedł załamanie i jesienią 1940 r. złożył swoją dymisję. Do służby powrócił wiosną 1941 r. jako oficer Oddziału Operacyjno-Szkoleniowego Komendy Głównej AK.

We wrześniu 1942 r. współtworzył drugi plan powstania powszechnego, a jesienią 1943 r. - plan akcji „Burza”. Podczas powstania warszawskiego przebywał w Otwocku na rekonwalescencji po amputacji nogi.

Po przedostaniu się do Lublina w sierpniu 1944 r. wstąpił do LWP. Pełnił funkcję kierownika Wojskowego Biura Historycznego w Wojskowym Instytucie Naukowo-Wydawniczym, a następnie szefa Oddziału Historycznego Sztabu Generalnego. Od 1947 r. wykładał historię wojskowości w Akademii Sztabu Generalnego. W 1948 r. został przeniesiony w stan spoczynku.

W maju 1950 r. został aresztowany przez bezpiekę. Wraz z kilkoma innymi generałami oskarżono go o udział w „dywersyjno-szpiegowskiej organizacji działającej w Wojsku Polskim”. W trakcie śledztwa, w wyniku wymuszonych torturami zeznań, przyznał się do stawianych mu zarzutów.

Podczas tzw. procesu generałów, który toczył się w sierpniu 1951 r. przez Najwyższym Sądem Wojskowym, został skazany na karę dożywotniego więzienia. Po zakończonym procesie odwołał wszystkie zeznania, nie zostało to jednak uwzględnione.

W październiku 1955 r. ze względu na stan zdrowia zmniejszono mu wyrok do 12 lat więzienia i udzielono rocznej przerwy w odbywaniu kary. W 1956 r., po umorzeniu sprawy oficerów sądzonych w „procesie generałów”, został zrehabilitowany.

Poświęcił się pracy naukowej, m.in. w Instytucie Historii PAN. Był autorem wielu publikacji z dziedziny historii wojskowości, dotyczących zwłaszcza kampanii wrześniowej i powstania warszawskiego.

Gen. Jerzy Kirchmayer zmarł 11 kwietnia 1959 r. w Otwocku. Został pochowany na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie. Dziś mija 60 lat od jego śmierci.