Kapłan ucieszył się także z powstawania komisji ds. badania przypadków pedofilii, chociaż ma wątpliwości, czy na pewno samo jej powstanie wystarczy. Uważa, że tylko państwowa komisja ma szanse uporać się z tym problemem, bo sprawy w kuriach ciągną się latami i nie zapadają rozstrzygnięcia, albo są niewystarczające. 

Ks. Isakowicz-Zaleski nie jest też zwolennikiem tego, aby komisja badała przypadki pedofilii w innych środowiskach. Obawia się bowiem, że to rozmyje cały problem pedofilii w Kościele. Ma nadzieję, że powstanie chociaż specjalna podkomisja, która skoncentruje się tylko na przypadkach w Kościele i wyjaśni je do końca.