Począwszy od czasów carskich Zamek w Lublinie pełnił funkcję miejsca odosobnienia przeznaczonego dla więźniów kryminalnych i politycznych, m.in. powstańców styczniowych. W październiku 1939 r. więzienie zostało przejęte przez niemieckie władze okupacyjne. Od listopada tego roku podlegało ono dowództwu SS i policji dystryktu lubelskiego.

Więzienie miało charakter przejściowy, większość aresztowanych zatrzymywano tylko na czas śledztwa. Panowały tu bardzo ciężkie warunki, zatrzymani byli szykanowani i poddawani torturom. W pomieszczeniach zaplanowanych na 700 osób przebywało jednocześnie nawet 2,5 tys. ludzi. Zagęszczenie, fatalne warunki higieniczne i złe wyżywienie dodatkowo sprzyjały chorobom zakaźnym i wysokiej śmiertelności.

W gronie więźniów znajdowali się członkowie ruchu oporu, zbiegowie z więzień i obozów, ofiary ulicznych łapanek, duchowni, Żydzi oraz pospolici przestępcy. Do lipca 1944 r. przez więzienie przeszło ok. 40 tys. osób. Duża część więzionych zginęła w egzekucjach i obozach śmierci.

Latem 1944 r., w obliczu zbliżającej się ofensywy radzieckiej, dowództwo niemieckiej policji w Generalnym Gubernatorstwie podjęło decyzję o ewakuacji więzień i obozów znajdujących się w strefie przyfrontowej. Jednocześnie stwierdzono, że „o ile sytuacja frontowa będzie tego wymagać, to należy we właściwym czasie poczynić kroki do całkowitej likwidacji więźniów”.

Opróżnianie więzienia na Zamku rozpoczęto w połowie lipca 1944 r. Więźniów wywożono do pobliskiego obozu koncentracyjnego na Majdanku, gdzie byli rozstrzeliwani, lub w drodze mordowano w ruchomych komorach gazowych.

22 lipca 1944 r., w przeddzień wkroczenia Armii Czerwonej do Lublina, Niemcy podjęli ostatnią próbę likwidacji więźniów. Przybyłe w tym celu specjalne komando przysłane z siedziby lubelskiego gestapo rozpoczęło egzekucje na oddziale I więzienia, gdzie po otwarciu cel do aresztantów strzelano poprzez kraty.

Ze względu na małą skuteczność takiego rozwiązania Niemcy podjęli decyzję o przeprowadzeniu egzekucji w jednej z dużych cel oddziału V, gdzie skazańców mordowano strzałem w tył głowy. Gdy cela zapełniła się ciałami, mord kontynuowano w kolejnej. Rozstrzeliwano także na dziedzińcu więzienia, używając broni maszynowej.

Trwającą blisko dwie godziny masakrę przerwał rozkaz natychmiastowej ewakuacji, jaki otrzymał naczelnik więzienia, Peter Domnick. Na miejscu pozostali jedynie polscy i ukraińscy strażnicy. Zmasakrowane zwłoki, zalegające w stosach cele i korytarze, znaleźli mieszkańcy Lublina, którzy wdarli się do więzienia.

Ocenia się, że w masakrze zginęło ok. 300 więźniów, chociaż pośród historyków istnieją rozbieżności w tym zakresie. Co najmniej 170 odnalezionych ciał zostało zabranych i pochowanych przez rodziny. 28 lipca 1944 r. zwłoki pozostałych więźniów pochowano uroczyście w zbiorowej mogile u stóp Zamku Lubelskiego.

W 1954 r. szczątki pomordowanych zostały ekshumowane i przeniesione na cmentarz przy ul. Lipowej w Lublinie. Na mogile postawiono pomnik, a obok umieszczono tablice, na których wyryto nazwiska 266 zidentyfikowanych ofiar masakry.