W pierwszych dniach wojny do położonych w powiecie radomszczańskim Kajetanowic przybyła duża grupa uciekinierów z Częstochowy. Wieś, zajęta przez Niemców bez żadnego oporu 4 września 1939 r., znalazła się na szlaku, którym oddziały okupacyjne podążały na linię frontu.

W nocy z 5 na 6 września w okolicach Kajetanowic pojawił się 42 pp. 46. Dywizji Piechoty Wehrmachtu, który dzień wcześniej dokonał mordu na mieszkańcach Częstochowy. Po wkroczeniu oddziału doszło do gwałtownej wymiany ognia, która nie spowodowała jednak żadnych ofiar w ludziach. Oficjalnie za przyczynę strzelaniny uznano „atak partyzantów”, chociaż polskie podziemie zbrojne jeszcze wtedy nie istniało.

W odwecie Niemcy otoczyli wieś i rozpoczęli pacyfikację. Po oświetleniu terenu działań racami przystąpiono do palenia i ostrzeliwania zabudowań. Przeprowadzano także doraźne egzekucje, na pobliskim polu rozstrzelano grupę kilkunastu mężczyzn. Wieś została doszczętnie spalona. Po wycofaniu się Niemców przez cały dzień składano ciała przy kapliczce na rozstajach dróg, przy której wykopano mogiłę.

Tuż po wojnie Okręgowa Komisja Badania Zbrodni Hitlerowskich w Łodzi oszacowała liczbę zabitych na 79 osób, większość z nich udało się zidentyfikować. Szczątki ofiar pogrzebanych w Kajetanowicach przeniesiono z czasem na miejscowy cmentarz rzymskokatolicki.

W latach 70. sprawę pacyfikacji Kajetanowic badała niemiecka prokuratura w Osnabrück. Uznała ona, że ze względu na zagrożenie ze strony „polskich partyzantów” postępowanie żołnierzy niemieckich było całkowicie uzasadnione.