Po ukończeniu gimnazjów, niższego we Lwowie i wyższego w Stanisławowie, zdał maturę i rozpoczął studia na Uniwersytecie Jagiellońskim. W 1895 r. uzyskał doktorat z ekonomii i rozpoczął pracę w Dyrekcji Skarbu w Krakowie i Lwowie. W 1899 r. wyjechał na dalsze studia ekonomiczne do Niemiec. Po uzyskaniu habilitacji w 1905 r. wykładał ekonomię polityczną na Uniwersytecie Lwowskim.

W tym czasie należał do wielu organizacji społecznych i gospodarczych na terenie Galicji. Wspierał rozwój Towarzystwa Szkół Ludowych na Ziemi Tarnopolskiej. W 1909 r. został dyrektorem lwowskiej filii Galicyjskiego Banku Ziemskiego w Łańcucie i zarządzał nią do wybuchu pierwszej wojny światowej.

Z początkiem XX w. związał się z obozem endeckim. Czynnie uczestniczył w działalności Stronnictwa Demokratyczno-Narodowego w Galicji, wszedł do jego Komitetu Głównego. Od 1905 r. należał do Ligi Narodowej. Jego artykuły, w których zwracał uwagę m.in. na zagrożenia płynące z pruskiej polityki kolonizacyjnej, pojawiały się w endeckich czasopismach: „Przeglądzie Wszechpolskim” i „Słowie Polskim”.

Po wybuchu I wojny światowej wszedł jako przedstawiciel SD-N do proaustriackiego Naczelnego Komitetu Narodowego, obejmując stanowisko sekretarza generalnego. Opuścił go jeszcze w tym samym roku, nie zgadzając się z treścią roty przysięgi składanej przez Legiony, zbyt mało akcentującej polski, narodowy charakter wojska.

Wiosną 1915 r. osiadł w szwajcarskiej Lozannie, gdzie wraz z innymi politykami zamierzał kształtować i propagować politykę polską za Zachodzie w powołanych w tym celu organizacjach - Centralnej Agencji Polskiej, Kole Polskim oraz Komitecie Wydawnictwa Encyclopédie Polonaise.

W lecie 1917 r. brał udział rozmowach, których efektem było powołanie do życia 15 sierpnia Komitetu Narodowego Polskiego w Paryżu. Pełnił w nim różne funkcje, m.in. reprezentanta KNP w Bernie, sekretarza KNP oraz kierownika Wydziału Naukowo-Propagandowego. Wraz z R. Dmowskim i M. Seydą uczestniczył w wielu konferencjach dotyczących przebudowy Europy Środkowej po zakończeniu działań wojennych.

W październiku 1918 r. zorganizował w Paryżu Wydział Prac Kongresowych, którego celem było przygotowanie m.in. polskich postulatów na konferencję pokojową. Sam wszedł następnie w skład grona doradców przy Delegacji Polskiej na Konferencję Pokojową oraz służył jako ekspert do spraw geograficznych i etnograficznych. W kwietniu 1919 r. wszedł w skład Komisji do spraw Galicji, w której stanowczo przeciwstawiał się wszystkim niekorzystnym dla Polski projektom, takim jak autonomia dla Ukraińców.

Na początku 1920 r. wrócił do Polski. Osiadł we Lwowie, gdzie otrzymał posadę dyrektora Banku Ziemskiego. Nadal aktywnie działał w polityce, był prezesem małopolskich struktur Związku Ludowo-Narodowego, a później Stronnictwa Narodowego. Od 1925 r. należał do Rady Głównej Ligi Narodowej, a po jej rozwiązaniu do lwowskiego oddziału tajnej „Straży Narodowej”. Aktywnie pomagał działaczom i młodzieży narodowej prześladowanej po 1926 r. przez władze sanacyjne.

Jan Emanuel Rozwadowski zmarł nagle 19 marca 1935 r. podczas pobytu w Warszawie. Pochowany został na Cmentarzu Łyczakowskim we Lwowie.