Ks. Wierzbicki tak tłumaczył swoją decyzję: „Byłem bardzo rozczarowany reakcją duchownych warszawskich na gest zawieszenia flagi na postaci Chrystusa na Krakowskim Przedmieściu. Powiedziano, że zadajecie nam ból. A czy ktoś pomyślał, ile my chrześcijanie zadajemy bólu, gdy w kościołach są np. groby pańskie i tam jako największy grzech piętnowany jest homoseksualizm. Czy kiedy wypowiada się słowa »tęczowa zaraza«, »Wirus LGBT«. To są słowa, które ranią. A może ci, którzy powiesili flagę, wyciągają ręce do Chrystusa?”.

Powiedział też: „Wcześniej byli uchodźcy, teraz LGBT zagraża rzekomo polskiej rodzinie. Jest miejsce i dla rodziny heteronoramatywnej i dla innych związków. Tu nie musi być konfliktu. Nauczmy się żyć w pokoju, w tolerancji i w akceptacji tego dziwnego, różnorodnego, ludzkiego losu”.
Ks. Wierzbicki, będąc profesorem etyki (!), nie tylko poparł agresję w przestrzeni publicznej, usprawiedliwił profanację, ale także broni homoseksualizmu i podważa wprost nauczanie Kościoła: „Zamiast powtarzać ciągle, że homoseksualizm jest grzechem, Kościół powinien być bardziej ostrożny i poważniej traktować to co na ten temat mówi nauka. Tu rysuje się poważny konflikt między antropologią chrześcijańską, a nauką. Jeszcze nie czas na ostateczne konkluzje, powinno się na ten temat debatować, prowadzić gruntowne badania”.
Rzecznik KUL najpierw odciął się od słów księdza profesora uznając, że nie jest to stanowisko uczelni, a teraz podjęto decyzję, aby księdza postawić przed komisją dyscyplinarną: „Treść wypowiedzi medialnych księdza doktora habilitowanego Alfreda Wierzbickiego jest traktowana przez Władze Uczelni jako działania szkodzące misji Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego Jana Pawła II. Z tego względu wypowiedzi księdza doktora habilitowanego Alfreda Wierzbickiego, zatrudnionego na wydziale kościelnym, zostaną przekazane do oceny jednego z Rzeczników Dyscyplinarnych”.

W uzasadnieniu dodano też: „Na wydziałach kościelnych Uniwersytetu mogą być zatrudnione jako nauczyciele akademiccy te osoby, które należą do Kościoła katolickiego i odznaczają się nieskazitelnością życia, czystością doktryny i pilnością w pełnieniu obowiązków. Nauczyciele akademiccy, którzy nauczają spraw dotyczących wiary lub moralności, zobowiązani są do wykonywania swoich zadań w pełnej wspólnocie z Nauczycielskim Urzędem Kościoła” (§47.5).

KUL postąpił w tej sprawie prawidłowo, chociaż z początku jedynie uznawał wypowiedź ks. Wierzbickiego za prywatną opinię, a sam ks. Wierzbicki twierdził, że ma pełne poparcie uczelni. Wydaje się, że to mogła być prawda, bo z pewnością na wydziale kościelnym, gdzie wykłada ks. Wierzbicki, jego poglądy są wszystkim znane. Prawdopodobnie dopiero pod wpływem burzy medialnej i kolejnych skandalicznych słów etyka, uczelnia zmieniła strategię. Każdy kto zetknął się z KUL-em i innymi uniwersytetami katolickimi w Polsce wie, że podobne poglądy są tam na porządku dziennym wygłaszane przez księży profesorów, teologów i etyków. Smutne jest też to, że np. Tomasz Terlikowski skrytykował KUL za to, że ingeruje w wolność nauki. Z nauką, wypowiedzi ks. Wierzbickiego, nie mają nic wspólnego, a pracuje on na wydziale kościelnym, gdzie pracownik zobowiązuje się być wierny nauczaniu Kościoła. Poza tym jako ksiądz również posiada ten obowiązek. Tego typu wypowiedzi muszą być gorszące dla wielu jego studentów i można sobie wyobrazić, w jakim duchu kształtuje swoich uczniów. Po takich wypowiedziach nie powinno być już dla niego miejsca na żadnej katolickiej uczelni. Pokazują one bowiem, że ksiądz Wierzbicki nie uważa nauki katolickiej, jak również samej Biblii, za zawierające niepodważalne Boże prawdy.