W czerwcu 1979 r. na łamach czasopisma „Droga” rzecznik Ruchu Obrony Praw Człowieka i Obywatela, Leszek Moczulski, opublikował tekst pt. „Rewolucja bez rewolucji”, w którym prognozował, że w ciągu 2 lat nastąpi głęboki kryzys wywołany niewydolnością gospodarki socjalistycznej, skutkujący wybuchem niezadowolenia społecznego.

Jednocześnie sformułował program budowy niezależnych organizacji, które mogłyby utworzyć system polityczny mający wyprzeć strukturę PRL i doprowadzić do odzyskania przez Polskę niepodległości. Wszelkie działania miały być podejmowane na drodze pokojowej.

W latach 1977-1979 powstało kilka takich grup opozycyjnych, które później weszły w skład KPN. Były to: Lubelska Grupa Ludowa, Ruch Porozumienia Polskich Socjalistów, Siedlecko-Podlaska Grupa Ludowo-Narodowa i Związek Narodowy Katolików.

Partię proklamowano 1 września 1979 r. w Warszawie, w 40. rocznicę wybuchu II wojny światowej. Pod dokumentem założycielskim - Aktem Konfederacji Polski Niepodległej - podpisało się 50 osób, przede wszystkim działaczy ROPCiO.

W deklaracji ideowej zawarto potrzebę działań zmierzających do odzyskania przez Polskę niepodległości, podstawą ustroju demokratycznego miały być niezbywalne prawa człowieka i obywatela. Postulowano współpracę wszystkich ośrodków demokratycznej opozycji w PRL oraz połączenie radykalnego programu z umiarkowanymi i odbywającymi się na wielu polach działaniami.

Najważniejszą rolę w strukturze KPN pełnił Kongres. Bieżącą działalnością zajmowała się Rada Polityczna z przewodniczącym Leszkiem Moczulskim na czele. Organami prasowymi KPN były pisma „Droga”, „Gazeta Polska” oraz „Opinia Krakowska”. Prowadzono kolportaż ulotek, organizowano upamiętnianie rocznic historycznych.

I Kongres KPN, odbywający się w lipcu 1980 r. w Lądku-Zdroju, został rozbity przez SB. We wrześniu aresztowano L. Moczulskiego, a w kolejnych miesiącach pozostałych liderów partii. W obawie przed dalszymi represjami w grudniu 1980 r. zawieszono jej działalność.

W czerwcu 1981 r. przed Sądem Wojewódzkim w Warszawie rozpoczął się proces czterech przywódców KPN, którzy w październiku 1982 r. zostali skazani na kary więzienia. Przyczyniło się to do wzrostu popularności partii w społeczeństwie i znacznego wzrostu liczby ich zwolenników. W oficjalnych publikacjach władz szacowano liczebność KPN nawet na 3 tys. członków.

Liderzy partii wyszli na wolność na mocy amnestii latem 1984 r. W grudniu tego roku doszło do rozłamu, część członków-założycieli wystąpiła z KPN i utworzyła Polską Partię Niepodległościową.

Na początku 1985 r. działacze KPN wręczyli ambasadorom Stanów Zjednoczonych i Wielkiej Brytanii „Memorandum do rządów państw-sygnatariuszy konferencji jałtańskiej”, w którym przypominali o niewypełnionym przez te państwa zobowiązaniu przeprowadzenia w Polsce wolnych wyborów.

W marcu 1985 r. doszło do ponownego aresztowania, a następnie procesu liderów partii. Wszyscy skazani na kary więzienia wyszli na wolność we wrześniu 1986 r. na mocy kolejnej amnestii.

W 1987 r. utworzono pierwsze od stanu wojennego jawnie działające krajowe biura informacyjne KPN. Wydawano kilkanaście czasopism, nadal organizowano manifestacje w rocznice świąt narodowych, nierzadko brutalnie pacyfikowane przez milicję. Inwigilacja partii przez bezpiekę trwała do 1990 r.

KPN nie uczestniczyła w obradach Okrągłego Stołu, odrzucając jakikolwiek kompromis z komunistami. W wyborach kontraktowych wystawiła własną listę kandydatów, żaden z nich nie zdołał jednak przejść do drugiej tury.

W latach 1989 i 1990 KPN organizowała duże ogólnopolskie akcje: demonstracje przeciw kandydaturze gen. Jaruzelskiego na prezydenta, okupacje komitetów PZPR i ZSMP oraz blokady radzieckich baz wojskowych z żądaniem ich wycofania z Polski.

Od połowy lat 90. w partii zaczął narastać wewnętrzny kryzys. W 1996 r. jeden z jej liderów Adam Słomka stworzył własną frakcję KPN - Obóz Patriotyczny. W 2003 r. Sąd Okręgowy w Warszawie wykreślił KPN z rejestru partii politycznych.

W 2007 r. partia została ponownie wpisana do ewidencji. W Krakowie odbył się I Kongres, który wyłonił nowe władze. Leszek Moczulski został uhonorowany tytułem honorowego przewodniczącego KPN, na czele partii stanął Władysław Borowiec.