Eksterminacja narodu polskiego była jedną z głównych idei niemieckiej wizji nowego ładu w Europie. Na pierwszy ogień mieli pójść ci najbardziej zasłużeni dla Rzeczypospolitej, w związku z czym Niemcy przygotowali plan zlikwidowania elity umysłowej II Rzeczypospolitej – naukowców, wojskowych, księży, nauczycieli, działaczy politycznych, społecznych i kulturalnych.

Akcje fizycznego wyniszczania inteligencji, którym nadano rozmaite kryptonimy, przeprowadzone zostały w wielu etapach praktycznie w każdym z regionów okupowanej Polski – na Pomorzu, Śląsku czy Mazowszu. Wśród nich ważne miejsce zajmował plan unicestwienia elity umysłowej Krakowa, będącego jednym z najważniejszych ośrodków polskiej kultury i nauki.

Kraków został zajęty już 6 września 1939 r. Początkowo, mimo wszechobecności Niemców, okupacja miała dość łagodny charakter i pierwszy miesiąc okupacji miasta upłynął bez poważniejszych incydentów.

3 listopada 1939 r. rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego, profesor Tadeusz Lehr-Spławiński, otrzymał od władz okupacyjnych polecenie zarządzenia na 6 listopada ogólnego zebrania pracowników uczelni w celu wysłuchania wykładu na temat „niemieckiego punktu widzenia w sprawie nauki i szkolnictwa wyższego”. Wykład miał być wygłoszony przez sturmbannführera SS Brunona Müllera, dowódcę jednego z oddziałów Einsatzkommando stacjonującego w Krakowie.

Zebranie odbyło się w sali wykładowej nr 66 im. Mikołaja Kopernika Collegium Novum. Przybyły na nie w asyście policji Müller zamiast wykładu wygłosił krótkie oświadczenie, w którym stwierdził:

„Tutejszy uniwersytet rozpoczął rok szkolny bez wcześniejszego uzyskania zgody władz niemieckich. Jest to przejaw złej woli. Poza tym ogólnie wiadomo, że wykładowcy byli stale wrogo usposobieni do nauki niemieckiej. Z tego powodu wszyscy obecni, z wyjątkiem trzech kobiet, będziecie przewiezieni do obozu koncentracyjnego. Jakakolwiek dyskusja, a nawet jakakolwiek wypowiedź na ten temat jest wykluczona. Kto stawi opór przy wykonywaniu mego rozkazu, będzie zastrzelony”.

Łącznie w ramach akcji uwięziono 183 lub 184 osoby, przede wszystkim pracowników Uniwersytetu Jagiellońskiego. Obok nich znaleźli się też wykładowcy z Akademii Górniczej i Akademii Handlowej oraz kilka przypadkowych osób. Zatrzymanych osadzono w krakowskim więzieniu na Montelupich.

Po zwolnieniu 11 osób, 27 listopada 1939 r. zatrzymanych wywieziono do obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen. Ciężkich obozowych warunków nie przetrwało wielu wiekowych, schorowanych naukowców. Jedną z pierwszych śmiertelnych ofiar był profesor Akademii Górniczej Antoni Meyer, który zmarł 24 grudnia 1939 r., cztery dni później zmarł były rektor UJ Stanisław Estreicher.

Wobec protestów światowej opinii publicznej, po interwencjach Kościoła katolickiego, krajów neutralnych, a nawet samego Mussoliniego, na początku lutego 1940 r. zwolniono stu uczonych w wieku powyżej 40 lat. Niektórzy z nich wycieńczeni warunkami obozowymi lub z powodu znacznego pogorszenia stanu zdrowia zmarli w różnych okresach po zwolnieniu. Pozostałych głównie młodszych naukowców na początku marca wywieziono do obozu koncentracyjnego Dachau.