W czasie niemieckiej okupacji Zawadka należała administracyjnie do gminy Pcim. Powiat myślenicki został zlikwidowany, a należące do niego przed wojną gminy zostały przyłączone do powiatu krakowskiego, który znalazł się na terenach Generalnej Guberni.

Wiosną 1940 r. we wsi powstała jedna z pierwszych w gminie Pcim terenowa organizacja Związku Walki Zbrojnej. Jej zadaniem było m.in. po­zyskiwanie i zabezpieczanie broni oraz kolportaż prasy podziemnej. W 1942 r. ZWZ przemianowano na Armię Krajową, a w rok później na terenie powiatu zostały utworzone grupy dywersyjne.

W gminie utworzono drużynę dywersyjną, której dowódcą został Franciszek Pytlik ps. „Gołąb”. Oddział podejmował liczne akcje zbrojne, m.in. rozbrajał Niemców i własowców. Jednym z przykładów było rozbrojenie we wrześniu 1944 r. kilkudziesięcioosobowego oddziału Wehrmachtu, stacjonującego w miejscowości Tokarnia.

W tym czasie na terenie Zawadki stacjonowali rów­nież partyzanci Batalionów Chłopskich, PPS, oraz partyzantka radziecka. Jednak największe poparcie wśród mieszkańców tamtych terenów miały oddziały Armii Krajowej, którym udzielano pomocy, dając schronienie i żywność.

W odpowiedzi na liczne akcje podziemia, chcąc zabezpieczyć własne zaplecze przed zbliżającym się frontem wschodnim, wraz z końcem lata 1944 r. Niemcy podjęli radykalne działania polegające na likwidacji zgrupowań partyzanckich.

O świcie 29 listopada 1944 r. kwaterujący we wsi partyzanci zostali zaskoczeni przez obławę niemiecką. Oddziały nieprzyjaciela liczyły ponad 3 tys. doskonale uzbrojonych żołnierzy, tymczasem liczebność wszystkich oddziałów partyzanckich nie przekraczała 300 osób.

Walki trwały cały dzień. Za jednym z domów Niemcy zgromadzili kilku mieszkańców, układając ich twarzą do ziemi. Kobiety i dzieci zostały prze­gnane, a mężczyzn zabito strzałem w tył głowy.

Pomimo elementu zaskoczenia oraz przewagi liczebnej i ogniowej Niemcom nie udało się osiągnąć zakładanych celów. Bohaterska postawa jednego z broniących się oddziałów AK, dowodzonego przez ppor. Artura Korbela ps. „Bicz”, dała czas na ewakuację pozostałym zgrupowaniom oraz większości mieszkańców. Wycofujący się z Zawadki niemieccy oprawcy prócz ciał pomor­dowanych pozostawili po sobie zgliszcza 20 domostw.

Powrócili tydzień później, 4 grudnia 1944 r. Tego dnia z Myślenic i Kra­kowa przybyła do wsi karna ekspedycja z zamiarem ukarania mieszkańców, którzy pomagali partyzantom, oraz zlikwidowania potencjalnej bazy partyzanckiej. Reszta domostw w Zawadce oraz w pobliskich miejscowości, w sumie 60 budynków, została spalona, a mienie zrabowane.

Ofiary pacyfikacji złożono we wspólnej mogile na cmentarzu w Krzczonowie. Partyzanci polegli w walce zostali pochowani na cmentarzu parafialnym w Trzebuni. Po wojnie ich szczątki zostały ekshumowane i przewiezione na cmentarz Rakowicki w Krakowie.