7 września 1939 r. Toruń został zajęty przez oddziały Wehrmachtu. W kolejnych dniach ujawniły się tam struktury miejscowego Selbstschutzu, w którego szeregi wchodzili miejscowi volksdeutsche. Dla władz okupacyjnych byli oni niezastąpieni, gdyż jako mieszkańcy tych terenów dobrze znali obszar działań oraz osoby, które miały zostać poddane represjom. Do pierwszych masowych aresztowań polskiej inteligencji w mieście doszło już w połowie września 1939 r.

W dniach 17-21 października Selbstschutz z pomocą Gestapo i Wehrmachtu dokonał w Toruniu wielkiej obławy na Polaków, była to tzw. akcja oczyszczająca (Säuberungsaktion). Zatrzymano wówczas około 1200 osób, przede wszystkim Polaków znanych z przedwojennej działalności politycznej i społecznej. Aresztowanych zgromadzono w prowizorycznym obozie utworzonym w Forcie VII.

Równocześnie z akcją w Toruniu przeprowadzano aresztowania na obszarze powiatu toruńskiego. Niemcy dokonywali tego często podstępem, pod pozorem szkoleń, kursów bądź konferencji, na które nakazywali się zgłaszać. Wielu zatrzymanych nigdy nie dotarło do Fortu VII, gdyż zamordowano ich po drodze.

Pod koniec października 1939 r. Wehrmacht przekazał kontrolę nad obozem w Forcie VII Selbstschutzowi. Niedługo potem rozpoczęły się masowe rozstrzeliwania więźniów w odległym o kilka kilometrów lesie Barbarka.

Przeznaczonych na rozstrzelanie umieszczano w celi śmierci, a później w tzw. ciemnicy, gdzie byli przetrzymywani bez pożywienia i wody. Przed wywiezieniem odbierano im pieniądze, kosztowności oraz wierzchnią odzież. Raz lub dwa razy w tygodniu ofiary wywożono do lasu krytymi ciężarówkami. Na miejscu nad wykopanymi dołami więźniów mordowano strzałami karabinowymi, rannych dobijając strzałami z pistoletu.

W styczniu 1940 r. więzienie w Forcie VII zostało zlikwidowane. Większość ocalałych więźniów wywieziono do obozów koncentracyjnych - przede wszystkim do Sachsenhausen, a później do Stutthofu.

W 1944 r., w obliczu zbliżającej się Armii Czerwonej, Niemcy postanowili zatrzeć ślady zbrodni. W tym celu sprowadzono Żydów, których następnie zmuszono do wydobycia zwłok z masowych mogił i ich spalenia.

Podczas ekshumacji przeprowadzonej po wojnie odkryto siedem masowych grobów. Szczątki 87 ofiar, które wówczas wydobyto, pochowano na cmentarzu przy ul. Grudziądzkiej w Toruniu.

W związku z zacieraniem śladów zbrodni niemożliwe okazało się ustalenie dokładnej liczby ofiar. Szacuje się, że w lasach Barbarki zamordowano od 600 do 1200 osób, z czego udało się zidentyfikować niespełna trzysta nazwisk.

W 1969 r. w Berlinie Zachodnim odbył się proces komendanta Fortu VII, Karla Friedricha Straussa, oskarżonego o bezpośredni udział w rozstrzelaniu co najmniej 80 Polaków. Jego obrońcy argumentowali, iż „u podstaw jego działalności leżała chęć zemsty za prześladowania Niemców mieszkających w przedwojennej Polsce oraz szykany, mające miejsce tuż przed wybuchem II wojny, jak i w jej pierwszych dniach”. Proces zakończył się uniewinnieniem oskarżonego.

Dziś miejsce straceń i spoczynku zamordowanych w Barbarce Polaków upamiętnia poświęcony im pomnik oraz zespół grobów na Cmentarzu Ofiar Hitleryzmu.