Józef Stefański urodził się 8 lutego 1903 r. w Bratkowicach pod Rzeszowem. W 1923 r. ukończył gimnazjum klasyczne w Rzeszowie i wstąpił do Seminarium Duchownego w Przemyślu. Święcenia kapłańskie otrzymał w czerwcu 1927 r. Pracował w różnych parafiach diecezji przemyskiej. W latach 1932–1934 pełnił również obowiązki kapelana więziennego w zakładzie karnym na Zamku w Rzeszowie.

Potem był katechetą w Sieniawie, a od 1937 r. w szkole powszechnej i Miejskim Gimnazjum i Liceum im. Władysława Jagiełły w Przeworsku, gdzie kierował też miejscowym Związkiem Zawodowym Robotników Rolnych i Leśnych. W 1938 r. za pracę oświatową i społeczną został odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi.

W czasie kampanii wrześniowej jako kapelan X Kadry Zapasowej w Przemyślu pracował w szpitalu polowym. Po bitwie pod Przemyślanami trafił do niewoli sowieckiej. Zwolniony po kilku dniach, powrócił do Przeworska, gdzie podjął pracę jako katecheta w uruchomionym wówczas za zgodą niemieckiego burmistrza miejscowym gimnazjum.

W listopadzie 1939 r. rozpoczął działalność konspiracyjną w szeregach Służby Zwycięstwu Polski. W tym samym miesiącu wraz z innymi pracownikami gimnazjum został aresztowany przez Niemców i uwięziony na zamku w Rzeszowie.

Po wyjściu na wolność w styczniu 1940 r. otrzymał stanowisko delegata Komisji Oświecenia Publicznego (KOP) na teren zachodnich powiatów woj. lwowskiego. Na terenie Inspektoratu Przemyśl utworzył organizację oświatową Związek Tajnego Nauczania i objął jej kierownictwo.

Jednocześnie do 1942 r. był kapelanem Obwodu ZWZ-AK Przeworsk, a następnie Inspektoratu AK Przemyśl. Wiosną 1943 r. został mianowany kapelanem nowo utworzonego Podokręgu AK Rzeszów. Jako delegat KOP organizował pomoc materialną dla nauczycieli i uczniów. Na terenie Przeworska przeprowadził akcję dożywiania biednej młodzieży.

Po przejściu frontu przez teren powiatu przeworskiego nadal pełnił funkcję kapelana Podokręgu Rzeszów AK. W grudniu 1944 r. został aresztowany i do stycznia następnego roku przebywał w więzieniu NKWD w Rzeszowie.

Po zwolnieniu został skierowany na Śląsk, w ramach akcji jego repolonizacji. Pracował m.in. jako nauczyciel religii w Bytomiu i na Opolszczyźnie. Był też opiekunem i wychowawcą w sierocińcu oraz kapelanem hufca harcerskiego. Wielokrotnie powracał na teren diecezji przemyskiej, lecz działalności konspiracyjnej już nie prowadził.

Wygłaszał kazania, w których krytykował panujący w Polsce ustrój. W czerwcu 1950 r., po wygłoszeniu antykomunistycznego kazania w czasie rekolekcji wielkopostnych, został aresztowany przez UB w Rzeszowie. W trakcie rewizji w jego bytomskim mieszkaniu znaleziono prasę konspiracyjną Stronnictwa Narodowego oraz archiwum dotyczące tajnego nauczania i AK.

W grudniu 1950 r. sąd w Rzeszowie skazał go na 4 lata więzienia. Na wolność wyszedł w 1953 r. jako inwalida. Tortury w czasie śledztwa, m.in. bicie po nogach, spowodowały trwałe kalectwo. Ponownie wysłany do diecezji opolskiej, pracował między innymi w parafiach Szklary oraz Goświnowice, gdzie był proboszczem. W 1960 r. trafił ponownie do więzienia za budowę kaplicy bez zezwolenia władz.

W 1976 r. przeszedł na emeryturę nauczycielską i zamieszkał w Goświnowicach w powiecie nyskim. W 1983 r. otrzymał godność kapelana honorowego Jego Świętobliwości. Zmarł 24 stycznia 1985 r. w Goświnowicach, został pochowany na cmentarzu w Nysie.

Ks. Józef Stefański był odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi oraz przez rząd RP na uchodźstwie Orderem Virtuti Militari V klasy, Złotym Krzyżem Zasługi z Mieczami i Krzyżem AK.