Stefan Czarniecki urodził się w 1599 r. w Czarncy pod Włoszczową na Kielecczyźnie, w średniozamożnej rodzinie szlacheckiej, jako jedno z dziesięciorga dzieci. Rodzice, starosta chęciński i żywiecki Krzysztof Czarniecki i Krystyna Rzeszowska, nie byli w stanie wszystkim zapewnić majątku i kariery, dlatego czterech synów, m.in. Stefana, oddali do zawodowej służby wojskowej.

Trafił do słynnych lisowczyków, lekkiej kawalerii najemnej zorganizowanej przez Aleksandra Lisowskiego. Służąc w chorągwi Idziego Kalinowskiego, brał udział w 1621 r. w bitwie z Turkami pod Chocimiem. W latach 1626–1629 pod komendą Stanisława Koniecpolskiego walczył z wojskami króla szwedzkiego Gustawa Adolfa na Pomorzu i na terenie Prus. Po skończonej wojnie zaciągnął się do armii cesarskiej.

W czasie wojny polsko-rosyjskiej w 1632 r. już jako porucznik chorągwi kozackiej hetmana Marcina Kazanowskiego brał udział w zwycięskiej w bitwie pod Smoleńskiem. W tym czasie nauczył się nowych technik walki, poznając tam zasady prowadzenia wojny podjazdowej. Po zakończonej wojnie moskiewskiej służył w elitarnej husarskiej chorągwi Władysława Myszkowskiego.

W latach 1637-1638 na wschodnich krańcach państwa tłumił powstania kozackie. W 1644 r. odznaczył się w bitwie pod Ochmatowem z Tatarami, na których czele stał Tuhaj-bej. Szarża jego husarskiej chorągwi przyczyniła się do polskiego zwycięstwa. Otrzymał za to stanowisko rotmistrza.

W 1648 r. na Ukrainie rozpoczął się kozacko-tatarski bunt zbrojny przeciwko Rzeczypospolitej, zwany powstaniem Chmielnickiego. Podczas bitwy nad Żółtymi Wodami Czarniecki dostał się do niewoli. Po roku został uwolniony po zawarciu ugody w Zborowie. Brał udział w wielu bitwach z Kozakami i Tatarami, m.in. pod Beresteczkiem w 1651 r., dzięki którym zyskał sławę i uznanie.

W 1652 r. otrzymał nominację na oboźnego wielkiego koronnego oraz kasztelana kijowskiego, dzięki czemu miał przywilej zasiadania w senacie.

Kiedy w 1655 r. szwedzka armia Karola X Gustawa najechała tereny Rzeczypospolitej, pozostał wierny królowi Polski Janowi Kazimierzowi. Przez kilka tygodni kierował obroną Krakowa. Po podpisaniu honorowej kapitulacji opuścił miasto wraz ze swoim wojskiem i udał się na Śląsk. W 1656 r. mianowany regimentarzem, objął dowództwo nad kampanią przeciwko Szwedom.

Pierwsza bitwa pod Gołębiem 18 lutego 1656 r., prowadzona w otwartym polu, zakończyła się klęską i spowodowała zmianę taktyki. Jako wybitny dowódca kawalerii, Czarniecki doprowadził do doskonałości poznaną wcześniej technikę wojny podjazdowej, tzw. wojnę szarpaną, prowadzoną dzięki współdziałaniu regularnej armii z oddziałami partyzanckimi.

Nowa strategia przyniosła wymierne militarne rezultaty. Unikając bezpośredniej konfrontacji z wrogiem, Czarniecki rozbił tylną straż szwedzką pod Jarosławiem, udaremnił oblężenie Przemyśla, pokonał Szwedów pod Łowiczem, zajął Bydgoszcz i Tucholę i pomaszerował na Warszawę, która w czerwcu 1656 r. została oswobodzona.

W 1657 r. odpierał najazd pozostającego w sojuszu ze Szwecją księcia siedmiogrodzkiego Jerzego II Rakoczego. W tym samym roku król za zasługi wojenne wynagrodził Czarnieckiego tytułem wojewody ruskiego. W latach 1658–59 walczył ze Szwedami w Danii na czele polskiego korpusu jazdy, wsławiając się przeprawą na wyspę Als oraz zdobyciem Koldyngi.

Jeszcze przed zawarciem w maju 1660 r. pokoju ze Szwedami został skierowany na pomoc Litwie w wojnie z Rosją. W czerwcu tego roku przy pomocy wojsk hetmana wielkiego litewskiego, Pawła Jana Sapiehy, rozbił siły wroga pod Połonką. W kolejnych latach kontynuował działania zbrojne przeciw Moskwie i walczył z kozackimi powstańcami na Ukrainie.

W styczniu 1665 r., na kilka tygodni przed śmiercią, za wybitne zasługi wojenne otrzymał buławę hetmana polnego koronnego. Zmarł w czasie podróży do Lwowa 16 lutego 1665 r. w Sokołówce od postrzału otrzymanego podczas tłumienia buntu w Stawiszczu. Uroczystości żałobne odbyły w Warszawie, trumnę z ciałem hetmana przewieziono do jego rodzinnej Czarncy i umieszczono w podziemiach kościoła.