Roman Rudkowski przyszedł na świat 12 maja 1898 r. w Przemyślu. Uczęszczał do gimnazjum w Stryju. Po wybuchu I wojny światowej wstąpił ochotniczo do II Brygady Legionów Polskich. Kilka miesięcy później trafił do niewoli rosyjskiej, skąd zbiegł w lutym 1916 r.

Pracował w polskim biurze wywiadowczym w Moskwie, na Syberii i w Taszkiencie, a od kwietnia 1917 r. w biurze werbunkowym w Kijowie. Od lutego 1918 r. służył w II Korpusie Polskim na Wschodzie, brał udział w bitwie pod Kaniowem.

W grudniu 1918 r. wstąpił do Wojska Polskiego. Otrzymał przydział do 2. Pułku Piechoty Legionów, z którym wziął udział w kampanii wileńskiej - jednej z pierwszych operacji wojskowych podczas wojny polsko-bolszewickiej. W czerwcu 1919 r. został mianowany na stopnień podporucznika. W lipcu 1920 r. został ciężko ranny w bitwie pod Cichą Wolą.

Po powrocie do wojska został adiutantem dowódcy 2 Dywizji Piechoty Legionów, a od czerwca 1921 r. – adiutantem dowódcy IV Brygady Piechoty Legionów tej dywizji. Później służył w 6 Pułku Strzelców Podhalańskich.

Po zakończeniu działań wojennych na własną prośbę przeszedł do służby w lotnictwie. Ukończył kurs pilotów w Szkole Pilotów w Bydgoszczy oraz w Oficerskiej Szkole Lotnictwa w Grudziądzu. Był dowódcą eskadr w jednostkach na terenie całej Polski. W 1939 r. awansował do stopnia podpułkownika.

We wrześniu 1939 r. dowodził wydzielonym dywizjonem 4 Pułku Lotniczego. W połowie miesiąca przekroczył granicę z Rumunią. W październiku dotarł do Francji, gdzie uczestniczył w tworzeniu Polskich Sił Powietrznych. W grudniu tego roku przyjechał do ośrodka szkoleniowego w Eastchurch jako jeden z pierwszych lotników polskich skierowanych do Wielkiej Brytanii.

W styczniu 1940 r. został wyznaczony na dowódcę jednego z mających tam powstać dywizjonów. Do lipca 1941 r. dowodził 301 Dywizjonem Bombowym Ziemi Pomorskiej. Następnie przydzielono go do Oddziału VI Sztabu Naczelnego Wodza na stanowisko referenta lotniczego.

Po zmianie struktury organizacyjnej tego Oddziału w marcu 1942 r. został kierownikiem referatu łączności lotniczej na etacie Inspektoratu Polskich Sił Powietrznych. Jednocześnie we wrześniu 1941 r. mianowano go oficerem łącznikowym Oddziału VI Sztabu Naczelnego Wodza przy brytyjskim 138 Dywizjonie Specjalnym, w skład którego weszły trzy pierwsze polskie załogi i został ich zwierzchnikiem.

Po przejściu kursu dla cichociemnych, w nocy z 25 na 26 stycznia 1943 r. został zrzucony do kraju na placówkę odbiorczą w okolicy Białobrzegów, 16 km na północ od Radomia. W lutym 1943 r. mianowano go szefem Wydziału Lotnictwa Oddziału III Operacyjnego sztabu Komendy Głównej AK.

W ramach operacji „Most II” w nocy z 29 na 30 maja 1944 r. wyleciał do Wielkiej Brytanii w celu zorganizowania pomocy lotniczej w czasie planowanego powstania powszechnego. Ponownie skoczył do Polski w połowie października 1944 r. jako emisariusz szefa sztabu Naczelnego Wodza z zadaniem rozpoznania sytuacji, w jakiej znalazła się AK po upadku powstania warszawskiego. Po rozwiązaniu AK w styczniu 1945 r. prowadził prace związane z likwidacją Wydziału Lotnictwa, którym kierował.

13 marca 1945 r. został aresztowany przez radziecki Smiersz i osadzony w więzieniu w Łodzi, a następnie przekazany polskim władzom i przewieziony do więzienia mokotowskiego w Warszawie. Rok później śledztwo przeciwko niemu zostało umorzone i wyszedł z więzienia.

Zagrożony kolejnym aresztowaniem, ukrywał się m.in. w Szczecinie i Częstochowie. W 1949 r. zbiegł z kraju i przedostał się do Londynu, gdzie osiadł na stałe.

Roman Rudkowski zmarł na atak serca 14 marca 1954 r., spoczął na cmentarzu w Fulham. Był odznaczony m.in. Orderem Virtuti Militari - IV i V klasy, Krzyżem Niepodległości i trzykrotnie Krzyżem Walecznych.