Emilia Malessa urodziła się 26 lutego 1909 r. w Rostowie nad Donem w południowej Rosji, w rodzinie z tradycjami patriotycznymi. Jej obaj dziadowie walczyli w powstaniu styczniowym, ojciec Władysław był prawnikiem zaangażowanym w działalność społeczną i niepodległościową.

W 1924 r. przeniosła się wraz z rodziną do Polski. W Łucku ukończyła Szkołę Handlową Polskiej Macierzy Szkolnej. Pracowała w miejscowym Urzędzie Wojewódzkim i Komunalnej Kasie Oszczędności. Później przeniosła się do Warszawy, gdzie zatrudniła się w Głównym Urzędzie Statystycznym. W latach 1929-1932 studiowała nauki społeczne w Wolnej Wszechnicy Polskiej.

Następnie przebywała w Gdyni, gdzie wyszła za mąż za ekonomistę Stanisława Malessę. Po rozwodzie w 1937 r. ponownie zamieszkała w Warszawie. Jeszcze przed wybuchem II wojny światowej przeszła przeszkolenie wojskowe na kursie Pogotowia Społecznego Pomocniczej Służby Wojskowej.

Pierwszego dnia września 1939 r. zgłosiła się do Ochotniczej Służby Kobiet. Pełniła funkcję kierowcy i organizatora lotnych punktów dożywiania i punktów sanitarnych przy 19. Wileńskiej Dywizji Piechoty.

W październiku 1939 r. wstąpiła do konspiracji. Organizowała komórkę łączności zagranicznej przy Komendzie Głównej Służby Zwycięstwu Polski, którą kierowała następnie w Związku Walki Zbrojnej i Armii Krajowej.

Zadaniem komórki, od wiosny 1944 r. działającej pod kryptonimem „Zagroda”, było utrzymywanie łączności z zagranicą i przygotowanie tras kurierskich łączących konspirację krajową z władzami RP i Naczelnym Wodzem na emigracji.

Komórka przyjmowała także cichociemnych zrzucanych do walki w kraju z alianckich samolotów. W ten sposób Malessa poznała swojego drugiego męża, legendarnego dowódcę partyzanckiego Jana Piwnika „Ponurego”.

Walczyła w powstaniu warszawskim. Za bohaterską służbę kurierską podczas walk w Śródmieściu otrzymała Krzyż Virtuti Militari V klasy. Po upadku powstania uniknęła transportu do Niemiec, po czym przedostała się do Krakowa, gdzie odbudowała kanały łączności między AK a Zachodem.

Po rozwiązaniu Armii Krajowej pozostała w konspiracji. Należała do Delegatury Sił Zbrojnych na Kraj, gdzie nadal zajmowała się łącznością z zagranicą, następnie weszła w skład I Zarządu Głównego Zrzeszenia Wolność i Niezawisłość, w którym pełniła funkcję kierownika łączności zagranicznej.

W październiku 1945 r. planując wyjazd na emigrację, zgłosiła chęć odejścia z WiN, na co otrzymała zgodę od przełożonych. W tym samym miesiącu rozpoczęła pracę w Ministerstwie Pracy i Opieki Społecznej W trakcie przekazywania swoich konspiracyjnych obowiązków, 31 października 1945 r., została aresztowana przez UB.

Po uzyskaniu od szefa Departamentu Śledczego MBP Józefa Różańskiego „oficerskiego słowa honoru” o nierepresjonowaniu działaczy podziemia ujawniła w trakcie śledztwa swoich współpracowników. Po aresztowaniach, na znak protestu przeciw niedotrzymaniu słowa przez Różańskiego, rozpoczęła strajk głodowy.

Była jedną z oskarżonych w procesie I Zarządu Głównego WiN w Warszawie. 3 lutego 1947 r. Wojskowy Sąd Rejonowy w Warszawie skazał ją na dwa lata więzienia. Kilka dni po ogłoszeniu wyroku została ułaskawiona przez prezydenta Bieruta.

Przez kolejne lata podejmowała próby uwolnienia aresztowanych członków podziemia, pisząc w tej sprawie listy do władz - prezydenta Bieruta, ministra bezpieczeństwa publicznego Stanisława Radkiewicza oraz samego Różańskiego. W 1949 r. rozpoczęła kolejny strajk głodowy.

Oskarżona o zdradę i bojkotowana przez część środowiska byłych żołnierzy Armii Krajowej, 5 czerwca 1949 r. popełniła samobójstwo. Została pochowana na Cmentarzu Bródnowskim. W 2005 r. jej szczątki przeniesiono do Panteonu Żołnierzy Polski Walczącej na warszawskich Powązkach.