Mimo że w wielu przypadkach, opinie i świadectwa o poszczególnych błogosławionych były zachowywane od wczesnych lat powojennych, proces beatyfikacyjny polskich męczenników formalnie rozpoczął się dopiero w 1992 r.

Postulat jego rozpoczęcia pojawił się trakcie dyskusji w Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych nad męczeństwem biskupa Michała Kozala, zamordowanego w styczniu 1943 r. w Dachau, beatyfikowanego w 1987 r. Postulatorem generalnym oddzielnego procesu beatyfikacyjnego został ks. Tomasz Kaczmarek z diecezji włocławskiej.

Trybunał Beatyfikacyjny w Watykanie orzekł podczas procesu przygotowawczego, że śmierć błogosławionych nie była tylko wynikiem ludobójczych represji politycznych, ale przede wszystkim nosiła charakter męczeństwa spowodowanego nienawiścią ich oprawców do wiary (łac. odium fidei).

Wśród męczenników II wojny światowej wyniesionych na ołtarze znaleźli się trzej biskupi (Władysław Goral, Antoni Julian Nowowiejski i Leon Wetmański), kilkudziesięciu kapłanów zakonnych i diecezjalnych, jak również bracia i klerycy, siostry zakonne oraz dziewięć osób świeckich. Najwięcej męczenników wywodzi się z diecezji włocławskiej, gnieźnieńskiej i lubelskiej.

Wszyscy oni dali dowody niezwykłej ofiarności i miłosierdzia, całkowitego oddania Kościołowi i przywiązania do zasad wiary. Jedni zapłacili najwyższą cenę za to, że nie chcieli odstąpić od pełnionej posługi. Inni nie zawahali się oddać życia, próbując chronić bliźnich.

Podczas pamiętnej mszy św. w trakcie swojej pielgrzymki do Polski w czerwcu 1999 r. Jan Paweł II powiedział: Dziś świętujemy zwycięstwo tych, którzy w naszym stuleciu oddali życie dla Chrystusa, aby posiąść je na wieki w Jego chwale. Jest to zwycięstwo szczególne, bo dzielą je duchowni i świeccy, młodzi i starzy, ludzie różnego pochodzenia i stanu (…). Ci błogosławieni męczennicy i męczennice wpisują się w dzieje świętości Ludu Bożego pielgrzymującego od ponad tysiąca lat po polskiej ziemi.

Szczególnym miejscem kultu błogosławionych jest Bazylika Matki Bożej Bolesnej Królowej Polski w Licheniu Starym, w której znajduje się poświęcona im kaplica z obrazem Pana Jezusa wśród bł. 108 męczenników. Obraz ten był zawieszony w centralnym miejscu podczas beatyfikacji 13 czerwca 1999 r. w Warszawie.

W liturgii kościelnej wspomnienie błogosławionych 108 męczenników z czasów II wojny światowej obchodzi się 12 czerwca.