W pierwszych dniach sierpnia 1944 r. Hitler wydał szefowi SS Heinrichowi Himmlerowi oraz szefowi sztabu generalnego Naczelnego Dowództwa Wojsk Lądowych, gen. Heinzowi Guderianowi, rozkaz zrównania Warszawy z ziemią i wymordowania wszystkich jej mieszkańców.

Początkowo zamierzano wykorzystać w tym celu flotę powietrzną Luftwaffe, która miała dokonać masowych bombardowań. Scenariusz ten okazał się jednak niemożliwy do przeprowadzenia ze względu na ofensywę powstańców, blokującą ewakuację oddziałów niemieckich. W tej sytuacji zapadła decyzja, że pacyfikacji powstania dokonają siły lądowe.

W skład „sił odsieczy” weszła Brygada SS Oberführera Oskara Dirlewangera, kolaboracyjna Brygada SS-RONA Bronisława Kaminskiego, złożona w większości z Rosjan i Białorusinów, grupa policyjna z Kraju Warty SS-Gruppenführera Heinza Reinefartha, pułk ochronny płk. Willi Schmidta oraz dwa bataliony azerbejdżańskie.

Dowódcą połączonych sił liczących ponad 6,5 tys. żołnierzy został gen. Erich von dem Bach-Zelewski, który do Warszawy przybył dopiero 5 sierpnia po południu. Do tego momentu całością akcji kierował najwyższy stopniem Reinefarth.

Bezpośrednio po otrzymaniu rozkazu o zdławieniu powstania, siły niemieckie przystąpiły do pacyfikacji zarówno żołnierzy AK, jak i ludności cywilnej. Dowódca garnizonu warszawskiego, gen. Reiner Stahel, wydał 2 sierpnia 1944 r. rozkaz o zabijaniu wszystkich mężczyzn uznanych za powstańców i brania cywilnych zakładników w celu wykorzystania ich podczas ofensywy jako żywe tarcze.

W dniach 2-4 sierpnia dokonano egzekucji ok. 400 ujętych powstańców. Jednocześnie systematycznie wypędzano z budynków mieszkalnych ludność cywilną, gromadząc ją w wyznaczonych miejscach, opróżnione budynki podpalano.

Masowa i systematyczna rzeź mieszkańców Woli rozpoczęła się na pełną skalę w dniu 5 sierpnia zwanym „czarną sobotą”. Ludność mordowano z broni maszynowej lub gromadzono na podwórzach bądź w piwnicach, po czym mordowano za pomocą granatów. Ludobójstwu towarzyszyły gwałty na kobietach i grabież. Do podpalonych budynków Niemcy wrzucali żywych oraz zwłoki pomordowanych.

W celu przyśpieszenia pacyfikacji, w wyselekcjonowanych przestronnych miejscach takich jak parki czy place, przeprowadzano masowe rozstrzeliwania. Ofiary przed egzekucją umieszczano na ciałach już zamordowanych. Powstałe w ten sposób ogromne stosy ludzkich ciał podpalano.

Eksterminacje miały miejsce również na terenie wolskich szpitali, w których wymordowano cały personel oraz pacjentów. Szacuje się, że tylko w tym jednym dniu zamordowano od 20 do 45 tys. Polaków.

5 sierpnia wieczorem gen. von dem Bach-Zelewski zmienił częściowo rozkaz, zakazując zabijania kobiet i dzieci, które miały być odtąd kierowane do obozu przejściowego, zorganizowanego podwarszawskim Pruszkowie. Po jego zapełnieniu pod miastem utworzono kolejne obozy.

Mimo zmienionego rozkazu większość oddziałów niemieckich kontynuowała mord na cywilach, chociaż już na mniejszą skalę. 6 sierpnia utworzono tzw. Verbrenunngskommando, czyli grupę ok. 100 Polaków, których zmuszono do palenia ciał ofiar.

Począwszy od 8 sierpnia natężenie akcji eksterminacyjnej zmalało. 12 sierpnia został wydany całkowity zakaz eksterminacji cywili.

Dokładna liczba ofiar pozostaje nieznana. Na podstawie przybliżonych szacunków uznaje się, że w pacyfikacji zginęło od 38 tys. do 65 tys. polskich mężczyzn, kobiet i dzieci. Na skutek podpaleń i wysadzeń dokonywanych przez oddziały niemieckie uległo zniszczeniu 81% zabudowy mieszkalnej Woli.

Żaden ze sprawców ludobójstwa nie został po wojnie pociągnięty do odpowiedzialności karnej.

Po wyzwoleniu Warszawy na terenie Woli prowadzone były prace ekshumacyjne. 6 sierpnia 1946 r. na Cmentarzu Powstańców Warszawy uroczyście pochowano 117 trumien zawierających 8646 kg prochów ludzkich, zebranych z miejsc straceń na ulicach, skwerach i podwórkach Woli, a także z innych miejsc zagłady.

W sierpniu 2012 r. IPN uruchomił projekt „Wola Pamięci 1944”, w ramach którego gromadzone są świadectwa, relacje, dokumenty oraz zdjęcia dotyczące ludobójstwa dokonanego na mieszkańcach dzielnicy w sierpniu 1944. Jednym z celów projektu jest zidentyfikowanie z imienia i nazwiska jak największej liczby ofiar.