Stanisław Rostworowski urodził się 19 grudnia 1888 r. w Krakowie w arystokratycznej rodzinie malarza Stanisława Jakuba. Po ukończeniu Gimnazjum im. Sobieskiego w Krakowie rozpoczął studia przyrodnicze na uniwersytecie w szwajcarskim Fryburgu. Od 1912 r. dodatkowo studiował filozofię na Uniwersytecie Jagiellońskim, gdzie rok później uzyskał dyplom doktora filozofii.

We wrześniu 1914 r. trafił do Legionów Polskich, gdzie piął się szybko po szczeblach kariery wojskowej. Przez pierwszy rok służył w 2. szwadronie ułanów, rok później został oficerem sztabu II Brygady, a następnie podjął pracę w Departamencie Wojskowym Naczelnego Komitetu Narodowego w Piotrkowie Trybunalskim.

Po powołaniu Rady Regencyjnej we wrześniu 1917 r. został skierowany do pracy jako jej adiutant w Dowództwie Uzupełnień Polskiego Korpusu Posiłkowego. Od listopada 1918 do stycznia 1920 r. zajmował różne stanowiska w Wojsku Polskim, będąc m.in. szefem ekspozytury Naczelnego Dowództwa.

W czasie wojny polsko–bolszewickiej był kwatermistrzem frontu litewsko–białoruskiego i szefem Oddziału Operacyjnego 3 Armii w bitwie warszawskiej. W grudniu 1920 r. został oddelegowany na Górny Śląsk, gdzie pełnił funkcję szefa sztabu Obrony Plebiscytu i szefa sztabu Naczelnej Komendy Wojsk III Powstania Śląskiego. W następnych latach pełnił różne funkcje w wojsku, z początkiem 1931 r. awansował do stopnia pułkownika dyplomowanego.

W sierpniu 1935 r. na własną prośbę przeszedł w stan spoczynku, chcąc poświęcić się pracy na roli w posiadłości swojej żony. Podczas pobytu w Wielkopolsce prowadził ożywioną działalność społeczną w wielu organizacjach rolniczych.

Po rozpoczęciu II wojny światowej powrócił do służby czynnej. Przez pierwsze dni wojny dowodził obroną przeciwlotniczą Kalisza, następnie uczestniczył w obronie Warszawy. Po klęsce kampanii wrześniowej przedostał się na Zachód, skąd został wysłany do Rumunii, gdzie pełnił funkcję kierownika bazy przerzutowej.

Od grudnia 1939 r. organizował ewakuację polskich żołnierzy do Francji, przerzuty kurierów z i do Polski oraz odwiedzał obozy internowanych. W styczniu 1941 r. został przeniesiony na analogiczne stanowisko w Budapesztu.

W maju 1942 r. opuścił Budapeszt i szlakiem kurierskim przybył do Warszawy, gdzie został przez Dowództwo Armii Krajowej mianowany inspektorem na Górnym Śląsku i w Krakowie, a następnie objął dowództwo Samodzielnego Korpusu AK. Jednocześnie awansował do stopnia generała brygady. W kwietniu 1944 r. przeniósł się do Krakowa, gdzie po wybuchu powstania warszawskiego objął samodzielne kierownictwo okręgu krakowskiego AK.

Pomimo meldunków ze strony wywiadu o zagrożeniu dekonspiracją ignorował zagrożenie. 11 sierpnia 1944 r. został zatrzymany przez gestapo, a następnie przewieziony do jego siedziby przy ul. Pomorskiej. Tego samego bądź następnego dnia został zamordowany podczas przesłuchania.

Gen. Stanisław Rostworowski był wielokrotnie odznaczany, m.in. Złotym Krzyżem Orderu Wojennego Virtuti Militari oraz Krzyżem Walecznych.