Jan Stępień przyszedł na świat 23 czerwca 1910 r. w Osieku pod Sandomierzem, w rodzinie inteligenckiej. W czasach szkolnych działał aktywnie w Sodalicji Mariańskiej. W 1928 r. zdał maturę i wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego w Sandomierzu. W 1933 r. przyjął święcenia kapłańskie.

Skierowany na dalsze studia na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Warszawskiego, w 1936 r. uzyskał stopień doktora. Następnie przez trzy lata studiował w Papieskim Instytucie Biblijnym w Rzymie. Po powrocie do kraju w 1939 r. został wykładowcą i prefektem alumnów w Wyższym Seminarium Duchownym w Sandomierzu.

Po wybuchu II wojny światowej pracował jako kapelan wojskowy w szpitalu powiatowym. Podczas pożaru budynku zorganizował ewakuację rannych. Od jesieni 1939 r. działał w konspiracyjnych strukturach Stronnictwa Narodowego. Współtworzył Organizację Kleru Polskiego przygotowującą księży do pracy w charakterze kapelanów podziemia.

Poszukiwany przez gestapo, w marcu 1942 r. wyjechał do Warszawy, gdzie pracował jako kapelan sióstr karmelitanek bosych. Za zgodą władz kościelnych zaangażował się w działalność kierownictwa Stronnictwa Narodowego - wszedł w skład Zarządu Głównego partii oraz objął kierownictwo Centralnego Wydziału Propagandy SN i Narodowej Organizacji Wojskowej.

Był sprawnym organizatorem, rozbudowywał wydział propagandy, wygłaszał referaty, pod jego nadzorem ukazywała się podziemna prasa. Wydawano czasopisma: „Walka”, „Polak”, „Sprawy Narodu”, ulotki, broszury, a nawet konspiracyjną poezję narodową. Był tez inicjatorem utworzenia Komitetu Ziem Wschodnich oraz przyczynił się do powołania w 1943 r. Instytutu św. Pawła i św. Ignacego Loyoli.

Po wybuchu powstania warszawskiego był dziekanem polowym Warszawy–Południe. Od pierwszych dni sierpnia 1944 r. pełnił funkcję szefa Biura Informacji i Propagandy AK na Mokotowie. Po kapitulacji stolicy wyszedł z miasta wraz z ludnością cywilną. Osiadł w Częstochowie, gdzie kontynuował działalność podziemną. Kiedy Niemcy odkryli drukarnię z nielegalnymi pismami, schronił się w klasztorze karmelitów bosych w Krakowie.

We wrześniu 1945 r. wycofał się z pracy w prezydium SN. Przeniósł się do Poznania, gdzie otrzymał propozycję wykładów. Zagrożony aresztowaniem przez bezpiekę, udał się na ziemię zachodnie, gdzie w październiku 1945 r. pod zmienionym nazwiskiem został proboszczem w Krośnie Odrzańskim. Cały czas utrzymywał kontakty z władzami emigracyjnego SN w Londynie.

Zagrożony dekonspiracją przeniósł się w lutym 1947 r. do Jezioran pod Olsztynem, gdzie objął tamtejszą parafię. Tym razem nie uniknął aresztowania. Zatrzymany w na początku lipca 1947 r., został przewieziony do siedziby MBP w Warszawie. Złożoną mu z początku propozycję zostania tajnym współpracownikiem odrzucił, w związku z czym poddano go regularnemu śledztwu, którym osobiście kierował Józef Różański.

29 listopada 1947 r., „za udział w organizacji mającej na celu obalenie przemocą ustroju RP oraz działalność wywiadowczą na rzecz obcego mocarstwa”, został skazany na czterokrotną karę śmierci. Po interwencji władz kościelnych zamieniono ją na 15 lat więzienia. Przebywał w zakładzie karnym we Wronkach, prowadząc działalność duszpasterską i dydaktyczną wśród innych osadzonych.

W 1955 r. odzyskał wolność. Został wykładowcą wyższych seminariów duchownych w Sandomierzu i Drohiczynie. Od 1960 do 1984 r. był pracownikiem Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie. W 1967 r. otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego, a w 1974 r. - zwyczajnego. Od 1972 r. przez trzy kolejne kadencje był rektorem uczelni. Był autorem ponad 200 prac z biblistyki. Swoje wspomnienia z czasów uwięzienia zawarł w książce „Droga krzyżowa w słońcu”.

Ks. Jan Stępień zmarł 9 stycznia 1995 r. w Laskach pod Warszawą, został pochowany na tamtejszym Cmentarzu leśnym.