Zygmunt Janke urodził się 21 lutego 1907 r. w podłódzkich Chojnach. Uczęszczał do Państwowego Gimnazjum Matematyczno-Przyrodniczego w Pabianicach, gdzie w 1927 r. zdał maturę. W tym samym roku wstąpił do wojska, służąc w Batalionie Podchorążych Piechoty w Różnie.

Następnie edukował się w Szkole Podchorążych Piechoty w Ostrowi Mazowieckiej–Komorowie i Oficerskiej Szkoły Artylerii w Toruniu. Po jej ukończeniu otrzymał przydział do 7 Dywizjonu Artylerii Konnej Wielkopolskiej w Poznaniu.

W 1934 r. w Centrum Wyszkolenia Łączności w Zegrzu ukończył kurs dla oficerów artylerii w zakresie łączności. W latach 1937-1939 był słuchaczem w Wyższej Szkole Wojennej w Warszawie. Po ukończeniu uczelni otrzymał przydział na stanowisko oficera operacyjnego w sztabie Kresowej Brygady Kawalerii.

We wrześniu 1939 r. wraz z tą jednostką znalazł się w składzie Armii „Łódź”. Brał udział w walkach pod Sieradzem i na Lubelszczyźnie. Pod koniec września pod Medyką trafił do niewoli niemieckiej, ale uciekł w październiku z transportu do niemieckiego oflagu.

Od listopada 1939 r. działał w konspiracji w Związku Walki Zbrojnej, początkowo w Pabianicach, a potem na terenie Łodzi, gdzie w lutym 1940 r. został mianowany szefem Oddziału II komendy Okręgu ZWZ Łódź. Od 1942 r. pełnił dodatkowo funkcję szefa sztabu i zastępcy komendanta okręgu.

Zagrożony aresztowaniem przez gestapo, w marcu 1943 r. został przeniesiony na stanowisko szefa sztabu Komendy Okręgu Śląsk AK. Siedzibę sztabu przeniósł z Krakowa do Zagłębia. Od października tego roku pełnił obowiązki komendanta okręgu. Formalną nominację otrzymał w styczniu 1944 r.

Po rozwiązaniu AK w styczniu 1945 r. i wejściu sowietów pozostał w konspiracji w strukturach poakowskich. W maju stanął na czele Okręgu Śląskiego Delegatury Sił Zbrojnych. We wrześniu 1945 r. ujawnił się wraz z kierowanym przez siebie okręgiem. Jako przewodniczący komisji likwidacyjnej DSZ zabiegał o zwalnianie więzionych przez NKWD i bezpiekę.

Po zakończeniu akcji ujawnienia wyjechał do Pabianic. Zatrudnił się jako nauczyciel w miejscowym liceum ogólnokształcącym. Nękany przez UB, w 1948 r. wyjechał do Katowic w poszukiwaniu innej pracy.

1 lutego 1949 r. został aresztowany, a następnie przewieziony do siedziby MBP w Warszawie. W czasie trwającego 3,5 roku śledztwa był poddawany torturom. Utracił zęby oraz zachorował na gruźlicę. W sierpniu 1952 r. Wojskowy Sąd Rejonowy w Warszawie skazał go na dwukrotną karę śmierci, zamienioną później na dożywocie.

Na wolność wyszedł w lipcu 1956 r. na mocy amnestii. Miesiąc później został całkowicie zrehabilitowany. Gdy odzyskał zdrowie, powrócił do pracy jako nauczyciel w pabianickim liceum, później przeprowadził się do Warszawy.

Ukończył studia historyczne na Uniwersytecie Łódzkim, w 1975 r. uzyskał stopień doktora historii na Uniwersytecie Warszawskim. Był autorem książek dotyczących dziejów Armii Krajowej w Łodzi i na Śląsku, opublikował kilkadziesiąt artykułów na ten temat.

Był współtwórcą Światowego Związku Żołnierzy AK, współorganizował pielgrzymki kombatantów na Jasną Górę. W latach 1988–1990 był członkiem Rady Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa. W 1988 r. został awansowany na generała brygady w stanie spoczynku.

Gen. Zygmunt Janke zmarł 25 lutego 1990 r. w Łodzi, pochowany został w Pabianicach. Był odznaczony m.in. Krzyżem Virtuti Militari V klasy, Złotym Krzyżem Zasługi z Mieczami oraz dwukrotnie Krzyżem Walecznych.